More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0300 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  100 
 
 
321 aa  663    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
321 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.99 
 
 
451 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  31.62 
 
 
1037 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
730 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
312 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33.09 
 
 
548 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.07 
 
 
842 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  33.09 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.57 
 
 
1301 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.86 
 
 
661 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.42 
 
 
578 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.62 
 
 
730 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  33.21 
 
 
323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.37 
 
 
531 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  29.79 
 
 
420 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.47 
 
 
853 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
627 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.21 
 
 
328 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3384  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.15 
 
 
829 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
627 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 
901 aa  125  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  32.85 
 
 
292 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41 
 
 
335 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 
306 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.04 
 
 
1000 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 
424 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
505 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.28 
 
 
470 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
821 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
625 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.92 
 
 
634 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.03 
 
 
1120 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.49 
 
 
320 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.66 
 
 
1047 aa  123  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.86 
 
 
342 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.89 
 
 
431 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 
342 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
419 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
345 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.27 
 
 
423 aa  122  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.33 
 
 
430 aa  122  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 
431 aa  122  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 
430 aa  122  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 
430 aa  122  9e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
317 aa  122  9e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 
430 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  31.34 
 
 
332 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 
431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  38.2 
 
 
430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 
431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 
454 aa  121  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  34.72 
 
 
814 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
329 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  31.44 
 
 
604 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2155  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.07 
 
 
697 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000675126  normal  0.0795671 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  33.09 
 
 
582 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  30.6 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  38.2 
 
 
430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.58 
 
 
540 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
580 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2232  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.07 
 
 
697 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00504018  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  36.46 
 
 
459 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.42 
 
 
717 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  35.75 
 
 
603 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.07 
 
 
461 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.51 
 
 
564 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.33 
 
 
581 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.89 
 
 
583 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 
698 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.32 
 
 
457 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.11 
 
 
328 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.66 
 
 
305 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.84 
 
 
569 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.77 
 
 
859 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
378 aa  119  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  34.2 
 
 
892 aa  119  9e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30 
 
 
926 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.42 
 
 
492 aa  119  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  29.67 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
627 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  28.67 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
539 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  33.68 
 
 
735 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  39.2 
 
 
570 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
496 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  39.2 
 
 
570 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  30.34 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
620 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
431 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  39.2 
 
 
570 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.04 
 
 
422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  39.2 
 
 
570 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>