More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2058 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2058  diguanylate cyclase  100 
 
 		 398 aa  790    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.143999  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2057  diguanylate cyclase  47.15 
 
 		 378 aa  307  2.0000000000000002e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0373556  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2056  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 393 aa  226  6e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.019716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3822  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 358 aa  99.4  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.36093 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1453  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4442  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 361 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4529  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 361 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.532301 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0112  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 361 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0231042 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4823  diguanylate cyclase  29.96 
 
 		 286 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.486218 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5649  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 360 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 361 aa  94  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  47.33 
 
 		 614 aa  93.2  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1914  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 364 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136216  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5583  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 370 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652721  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4819  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 360 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 482 aa  90.1  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5498  diguanylate cyclase  26.95 
 
 		 371 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.260434  normal  0.0817101 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 354 aa  89.4  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  37.65 
 
 		 611 aa  89  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 527 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 		 653 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.53 
 
 		 653 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  33.93 
 
 		 505 aa  86.7  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.04 
 
 		 874 aa  86.3  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  57.65 
 
 		 681 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.9 
 
 		 836 aa  85.9  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 532 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 388 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.39 
 
 		 769 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 601 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 		 587 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.03 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  41.83 
 
 		 1274 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  29.96 
 
 		 618 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  54.12 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 489 aa  84.3  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.42 
 
 		 1045 aa  84  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  32.69 
 
 		 490 aa  84  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  39.64 
 
 		 873 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 495 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 516 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  38.06 
 
 		 855 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  36 
 
 		 652 aa  83.2  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 776 aa  83.2  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 640 aa  82.8  0.000000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 		 516 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.27 
 
 		 674 aa  82.4  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.13 
 
 		 638 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.04 
 
 		 876 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.77 
 
 		 876 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 		 1020 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 744 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 304 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 408 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.04 
 
 		 876 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.12 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.02 
 
 		 604 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 386 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 516 aa  82  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 744 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 603 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 612 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 744 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 569 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 961 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 514 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.4 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 780 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 		 878 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.03 
 
 		 884 aa  81.3  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 843 aa  81.3  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  43.54 
 
 		 490 aa  80.5  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 		 919 aa  80.9  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 585 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 508 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 360 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.74 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.35 
 
 		 877 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 726 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 726 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  24.92 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>