More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3854 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
516 aa  1025    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  82.17 
 
 
514 aa  809    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  88.57 
 
 
516 aa  916    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  88.37 
 
 
516 aa  915    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  86.63 
 
 
516 aa  894    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.06 
 
 
516 aa  1006    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  88.48 
 
 
495 aa  878    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.35 
 
 
508 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  51.72 
 
 
511 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7585  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.9 
 
 
531 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.145494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6880  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 
777 aa  199  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296113  decreased coverage  0.00757929 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 
778 aa  200  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1312  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.01 
 
 
776 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 
781 aa  193  6e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1813  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.48 
 
 
777 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.223015  normal  0.437082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  31.56 
 
 
778 aa  190  5e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
1055 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.552774  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4146  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
777 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 
776 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  39.87 
 
 
700 aa  183  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 
716 aa  182  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.36 
 
 
1034 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.19 
 
 
700 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.615666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
905 aa  170  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.21 
 
 
819 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.7 
 
 
593 aa  163  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6470  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.82 
 
 
584 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.527259 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0947  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
714 aa  162  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.903588  normal  0.0137275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  35.24 
 
 
812 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.18 
 
 
714 aa  160  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.28 
 
 
904 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 
960 aa  159  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.75 
 
 
700 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.52 
 
 
315 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 
915 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.24 
 
 
950 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  37.41 
 
 
356 aa  154  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
954 aa  154  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 
907 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  33.94 
 
 
905 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
954 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.23 
 
 
879 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
765 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
743 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 
743 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0378  sensory box protein  34.1 
 
 
1491 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0214422 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0917  GGDEF domain-containing protein  28.94 
 
 
765 aa  150  4e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.394246  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.83 
 
 
772 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0979  GGDEF domain-containing protein  28.4 
 
 
765 aa  150  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  27.73 
 
 
512 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.74 
 
 
953 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
767 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467962 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.87 
 
 
685 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.5 
 
 
729 aa  147  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.55 
 
 
883 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.13 
 
 
783 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.99 
 
 
769 aa  146  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  35.41 
 
 
578 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  39.42 
 
 
474 aa  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.98 
 
 
767 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.48 
 
 
806 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3745  putative GGDEF/cyclase  45.98 
 
 
392 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.41 
 
 
612 aa  144  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.98 
 
 
822 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.85 
 
 
842 aa  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  30.03 
 
 
1055 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.07 
 
 
863 aa  143  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  27.89 
 
 
512 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1894  GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 
801 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261021  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  39.67 
 
 
768 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  39.67 
 
 
768 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.22 
 
 
659 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  42.7 
 
 
712 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.67 
 
 
707 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.92 
 
 
824 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.13 
 
 
1484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
1147 aa  140  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.34 
 
 
1485 aa  140  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165291 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 
849 aa  140  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 
823 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.6 
 
 
925 aa  140  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4133  hypothetical protein  40.65 
 
 
875 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.661275  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  33.73 
 
 
503 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.57 
 
 
785 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 
850 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2962  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.74 
 
 
847 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0327422  normal  0.517627 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 
1143 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.66 
 
 
1143 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.58 
 
 
990 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  41.98 
 
 
1076 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.93 
 
 
780 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.1 
 
 
1481 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.41 
 
 
916 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0127578 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.41 
 
 
916 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.84 
 
 
571 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.33 
 
 
747 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
884 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.33 
 
 
1071 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 
757 aa  137  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
742 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>