More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2473 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 340 aa  692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  84.48 
 
 		 337 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  84.78 
 
 		 337 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  84.18 
 
 		 337 aa  584  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  83.58 
 
 		 337 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  82.09 
 
 		 337 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  80.9 
 
 		 337 aa  558  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  81.79 
 
 		 337 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  81.49 
 
 		 337 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  65.36 
 
 		 347 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  58.59 
 
 		 338 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  60.69 
 
 		 362 aa  371  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  57.79 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  49.38 
 
 		 342 aa  329  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  50.62 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  49.84 
 
 		 380 aa  286  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  43.9 
 
 		 334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.91 
 
 		 349 aa  228  9e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.62 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 346 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 361 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  33.82 
 
 		 374 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 411 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  32.34 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.49 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  32.54 
 
 		 364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  32.41 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 373 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.57 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.57 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  29.37 
 
 		 359 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 365 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 365 aa  99.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 388 aa  99.4  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 360 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 376 aa  97.8  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 472 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.1 
 
 		 478 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 478 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 1462 aa  96.3  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.92 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 364 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 359 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 379 aa  93.2  5e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4651  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 402 aa  93.2  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.611035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  26.72 
 
 		 451 aa  93.2  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 377 aa  92.8  7e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 383 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0961  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 389 aa  92  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.348921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 		 442 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 397 aa  91.3  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 409 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  27.33 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.3 
 
 		 471 aa  90.5  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.67 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 384 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 364 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  24.68 
 
 		 381 aa  90.1  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  28.39 
 
 		 409 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 410 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25 
 
 		 370 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 455 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5235  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 362 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 405 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 390 aa  87.4  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  26.91 
 
 		 421 aa  87  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.49 
 
 		 358 aa  87  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 387 aa  87  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5175  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 362 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321705  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 366 aa  86.7  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.84 
 
 		 425 aa  86.7  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  25.67 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 354 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 375 aa  86.3  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 386 aa  85.9  9e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 392 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.14 
 
 		 379 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 426 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  25.33 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>