More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0961 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0961  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 389 aa  781    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.348921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 377 aa  132  9e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.25 
 
 		 351 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 357 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.09 
 
 		 374 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 358 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  27.6 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 365 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 397 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 350 aa  105  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  27.86 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.33 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.69 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 387 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 337 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 352 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  25.61 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 354 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 354 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  29.77 
 
 		 375 aa  97.8  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 352 aa  97.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 390 aa  96.3  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 380 aa  96.7  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.14 
 
 		 354 aa  96.3  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 379 aa  96.3  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.01 
 
 		 349 aa  95.9  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 404 aa  95.9  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 472 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 373 aa  95.1  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  27.97 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  28.83 
 
 		 478 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 352 aa  94.4  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2615  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 380 aa  94.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6214  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 		 424 aa  94.7  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 478 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 373 aa  94  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 359 aa  94  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 354 aa  93.6  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  25.28 
 
 		 386 aa  93.6  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 349 aa  93.6  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 363 aa  93.6  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 337 aa  93.6  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  22.45 
 
 		 373 aa  93.2  6e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.31 
 
 		 358 aa  93.2  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 360 aa  93.2  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.35 
 
 		 388 aa  93.2  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.69 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  25.22 
 
 		 378 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 379 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 361 aa  91.7  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 405 aa  90.9  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 412 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  27.01 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  27.69 
 
 		 368 aa  90.1  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 354 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.53 
 
 		 376 aa  89  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 		 380 aa  89.4  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  22.99 
 
 		 407 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 453 aa  88.6  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 421 aa  87.8  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 369 aa  87.4  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  24.8 
 
 		 390 aa  87.4  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 455 aa  87  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 371 aa  86.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.75 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 414 aa  86.3  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  25.88 
 
 		 318 aa  86.3  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>