103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5436 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_5436  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  100 
 
 		 611 aa  1225    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.561912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8942  conjugative transfer gene complex protein  50.99 
 
 		 613 aa  538  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312755  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1575  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  36.58 
 
 		 592 aa  226  9e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.016741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2343  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  36.36 
 
 		 592 aa  223  6e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.970374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0800  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  36.73 
 
 		 587 aa  211  3e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06490  type IV secretory pathway, VirD4 component  32.81 
 
 		 634 aa  199  1.0000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00928914  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06790  hypothetical protein  36.16 
 
 		 594 aa  196  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0452  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  31.57 
 
 		 621 aa  187  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00130  hypothetical protein  36.01 
 
 		 594 aa  182  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4706  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.08 
 
 		 490 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220064  normal  0.843758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1438  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  29.7 
 
 		 562 aa  140  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00273235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4273  conjugative transfer gene complex protein  31.14 
 
 		 591 aa  138  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0263  conjugal transfer protein  28.15 
 
 		 583 aa  137  5e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0192996  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4560  putative TraG-family protein  25.29 
 
 		 589 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0985941 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5521  TRAG family protein  27.91 
 
 		 604 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.197372  normal  0.646541 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4219  conjugative transfer gene complex protein  26.18 
 
 		 590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4500  conjugative transfer gene complex protein  26.08 
 
 		 589 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.610328  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1381  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  27.73 
 
 		 656 aa  127  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0689  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  30.36 
 
 		 636 aa  126  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.01424  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2361  hypothetical protein  28.82 
 
 		 598 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.210389  normal  0.401092 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2246  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.19 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1576  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  28.51 
 
 		 453 aa  110  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540203  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0363  type IV secretory pathway VirD4 component  27.37 
 
 		 602 aa  108  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.397437  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0604  hypothetical protein  27.79 
 
 		 399 aa  90.9  7e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3305  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  29.27 
 
 		 690 aa  73.6  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000882445  normal  0.114382 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  24.17 
 
 		 661 aa  68.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  23.1 
 
 		 723 aa  67.4  0.0000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.7 
 
 		 660 aa  67  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  21.57 
 
 		 714 aa  65.5  0.000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 661 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  22.88 
 
 		 661 aa  64.3  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  24.22 
 
 		 687 aa  63.9  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.9 
 
 		 661 aa  63.5  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 663 aa  63.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  23.64 
 
 		 663 aa  63.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  20.99 
 
 		 713 aa  62.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  23.81 
 
 		 663 aa  62  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.1 
 
 		 666 aa  62  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1362  TRAG family protein  22.57 
 
 		 663 aa  61.6  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.824009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  22.97 
 
 		 665 aa  61.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  23.87 
 
 		 669 aa  61.2  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  21.88 
 
 		 662 aa  60.1  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  23.88 
 
 		 674 aa  59.7  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  22.43 
 
 		 660 aa  60.1  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  23.58 
 
 		 664 aa  59.7  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  22.73 
 
 		 661 aa  59.7  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.33 
 
 		 700 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  23.44 
 
 		 659 aa  59.3  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.58 
 
 		 662 aa  58.5  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4938  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  34.16 
 
 		 669 aa  58.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  20.7 
 
 		 670 aa  58.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  20.75 
 
 		 628 aa  58.2  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  23.06 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  20.6 
 
 		 677 aa  57.8  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.53 
 
 		 641 aa  57.8  0.0000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  22.38 
 
 		 661 aa  57.4  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  22.38 
 
 		 662 aa  57.8  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  22.62 
 
 		 666 aa  56.6  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  22.12 
 
 		 664 aa  55.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  22.47 
 
 		 583 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  21.76 
 
 		 714 aa  55.5  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  21.6 
 
 		 676 aa  55.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  20.79 
 
 		 651 aa  55.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0976  TRAG family protein  23.03 
 
 		 912 aa  54.7  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  20.9 
 
 		 548 aa  54.3  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  24.5 
 
 		 610 aa  54.3  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  22.54 
 
 		 666 aa  54.3  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  21.03 
 
 		 648 aa  53.1  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  22.03 
 
 		 576 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  24.62 
 
 		 678 aa  53.5  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  21.46 
 
 		 661 aa  52.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  21.17 
 
 		 756 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  22.95 
 
 		 660 aa  51.6  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  26.92 
 
 		 509 aa  51.2  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  21.77 
 
 		 575 aa  50.8  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  24.62 
 
 		 687 aa  50.4  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  22.2 
 
 		 723 aa  50.4  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  19.78 
 
 		 699 aa  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  20.47 
 
 		 699 aa  49.3  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2467  TRAG family protein  28.24 
 
 		 511 aa  49.7  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.606871  hitchhiker  0.00000000721319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0821  TRAG family protein  24.21 
 
 		 673 aa  49.3  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.153462  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  24.63 
 
 		 611 aa  48.5  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  21.78 
 
 		 637 aa  48.5  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  21.78 
 
 		 637 aa  48.5  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0843  TRAG family protein  22.1 
 
 		 682 aa  48.5  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  22.51 
 
 		 660 aa  48.1  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  21.53 
 
 		 573 aa  47.8  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  22.09 
 
 		 634 aa  47.4  0.0009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  20.69 
 
 		 648 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6360  TRAG family protein  25 
 
 		 579 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  20.35 
 
 		 678 aa  45.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  17.5 
 
 		 559 aa  46.2  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  19.6 
 
 		 663 aa  46.2  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  25 
 
 		 672 aa  45.8  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  22.39 
 
 		 668 aa  45.4  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  19.83 
 
 		 896 aa  45.8  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  22.7 
 
 		 592 aa  44.7  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  23.26 
 
 		 657 aa  44.7  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  22.53 
 
 		 708 aa  44.3  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0918  TRAG family protein  19.34 
 
 		 677 aa  43.9  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>