131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0359 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2200  putative regulatory protein TetR  39.06 
 
 		 196 aa  124  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.841471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0558  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.235529  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  37.38 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  29.35 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  25 
 
 		 181 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  23.87 
 
 		 197 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 242 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 254 aa  52  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0144  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 181 aa  51.2  0.000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 223 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1743  transcriptional regulator, TetR family  31.73 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  39.06 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 191 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 242 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  45.07 
 
 		 191 aa  48.9  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 213 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1486  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1508  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4112  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0592835  normal  0.670519 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5376  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 445 aa  48.5  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  42.86 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0679  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0890735  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3823  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0524018  normal  0.237924 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 221 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  34.43 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1484  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 224 aa  46.6  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  31.69 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  23.98 
 
 		 204 aa  45.8  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2233  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 187 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.749736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 220 aa  45.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 203 aa  45.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 201 aa  45.1  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10720  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 242 aa  45.1  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.676593 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1392  transcriptional regulator, TetR family  26.81 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 202 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 205 aa  44.7  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  24 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2227  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.192949  normal  0.218846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4118  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25170  transcriptional regulator, tetR family  24.62 
 
 		 222 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193218  normal  0.642579 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  23.46 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4956  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 197 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0932682 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4281  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 208 aa  43.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130087  normal  0.428776 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3870  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 208 aa  43.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0541518  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 248 aa  43.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1994  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.187018  normal  0.996586 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2479  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 230 aa  42.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 212 aa  43.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 188 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2013  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 173 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 208 aa  42.4  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>