More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3802 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  100 
 
 		 264 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  49.8 
 
 		 271 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  52.77 
 
 		 272 aa  268  8.999999999999999e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  47.49 
 
 		 270 aa  266  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  50.84 
 
 		 272 aa  265  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  50.97 
 
 		 270 aa  265  7e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  51.05 
 
 		 272 aa  260  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  51.71 
 
 		 265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  53.88 
 
 		 267 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.74 
 
 		 270 aa  247  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  40.08 
 
 		 268 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  37.55 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 269 aa  155  7e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  37.45 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 275 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 271 aa  139  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  38.96 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 282 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 129 aa  86.7  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 286 aa  85.5  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 293 aa  75.5  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  26.87 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  25.1 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  25.71 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  32.58 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  35.11 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.21 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  28.67 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  34.04 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 519 aa  57  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 282 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 150 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 145 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 341 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 327 aa  54.3  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 154 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 329 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  32.26 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 299 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  25.77 
 
 		 255 aa  53.5  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 299 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 305 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 287 aa  53.1  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 232 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  52.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  52.4  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 278 aa  52.4  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 299 aa  52.4  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 337 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 326 aa  52  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  52  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1419  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 330 aa  52  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00505932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  25.26 
 
 		 293 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  32.65 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 259 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 316 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 361 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 255 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 316 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 346 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  21.32 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 300 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  35.82 
 
 		 519 aa  50.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 290 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>