More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3460 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  60.83 
 
 
619 aa  730    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
644 aa  1308    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  55.86 
 
 
630 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  43.15 
 
 
635 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 
636 aa  280  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  29.01 
 
 
626 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  29.28 
 
 
638 aa  177  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.01 
 
 
905 aa  173  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.43 
 
 
915 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1964  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.77 
 
 
884 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.826699  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 
338 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  27.74 
 
 
632 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.59 
 
 
902 aa  153  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.59 
 
 
887 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  29.91 
 
 
516 aa  150  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.14 
 
 
352 aa  148  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  35.65 
 
 
497 aa  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
503 aa  145  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.84 
 
 
904 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.21 
 
 
879 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 
468 aa  144  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.23 
 
 
643 aa  144  7e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2710  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.99 
 
 
585 aa  143  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.132036  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
907 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  46.03 
 
 
554 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.66 
 
 
883 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  33.1 
 
 
367 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.17 
 
 
1018 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  25.9 
 
 
612 aa  140  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
917 aa  140  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  28.98 
 
 
553 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  32.32 
 
 
650 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
969 aa  140  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 
1253 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  29.93 
 
 
515 aa  139  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 
973 aa  139  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.2 
 
 
1423 aa  137  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
879 aa  137  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4799  hypothetical protein  27.25 
 
 
867 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  28.39 
 
 
528 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  31.66 
 
 
581 aa  136  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.46 
 
 
648 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.82 
 
 
1021 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  29.41 
 
 
532 aa  135  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.97 
 
 
718 aa  135  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  29.68 
 
 
515 aa  135  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  29.02 
 
 
555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  44.57 
 
 
420 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  31.52 
 
 
338 aa  134  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.44 
 
 
897 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 
572 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.23 
 
 
722 aa  133  9e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  29.94 
 
 
492 aa  133  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  30.12 
 
 
512 aa  133  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  28.84 
 
 
492 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.96 
 
 
612 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.09 
 
 
996 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 
344 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 
314 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  29.37 
 
 
317 aa  132  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.36 
 
 
665 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  34.58 
 
 
1428 aa  132  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  28.84 
 
 
492 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.37 
 
 
421 aa  131  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  47.65 
 
 
494 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  29.38 
 
 
522 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  31.67 
 
 
432 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  26.47 
 
 
533 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  30.72 
 
 
494 aa  130  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.27 
 
 
1047 aa  130  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
422 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  31.81 
 
 
649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.75 
 
 
536 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.59 
 
 
1051 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 
683 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 
622 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.6 
 
 
481 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.6 
 
 
481 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  29.52 
 
 
492 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.53 
 
 
728 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  40.93 
 
 
305 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  44.68 
 
 
527 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
507 aa  127  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  43.01 
 
 
501 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  32.01 
 
 
323 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.25 
 
 
1785 aa  127  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  32.9 
 
 
323 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  33.22 
 
 
333 aa  127  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  29.22 
 
 
492 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  29.22 
 
 
492 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.34 
 
 
620 aa  127  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.07 
 
 
341 aa  127  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.49 
 
 
746 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.85 
 
 
343 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
528 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  32.58 
 
 
429 aa  126  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.15 
 
 
676 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 
487 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 
507 aa  126  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  28.48 
 
 
522 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>