More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0425 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0425  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 345 aa  697    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2067  polysaccharide deacetylase  61.17 
 
 		 356 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1948  polysaccharide deacetylase  61.3 
 
 		 348 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.171917 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3511  polysaccharide deacetylase  61.71 
 
 		 346 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.269417  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1255  polysaccharide deacetylase  58.1 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3449  polysaccharide deacetylase  60.77 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282005  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2943  polysaccharide deacetylase  60.15 
 
 		 313 aa  322  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.519142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0282  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  55.02 
 
 		 350 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.347733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2500  polysaccharide deacetylase  56.92 
 
 		 311 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2343  polysaccharide deacetylase  58.14 
 
 		 322 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2107  polysaccharide deacetylase  59.53 
 
 		 310 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1585  polysaccharide deacetylase  53.24 
 
 		 308 aa  299  4e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3879  putative polysaccharide deacetylase  55.21 
 
 		 260 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.827287  normal  0.456812 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3342  polysaccharide deacetylase  43.18 
 
 		 430 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.313292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1620  polysaccharide deacetylase  40.34 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0105344  normal  0.102129 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3077  polysaccharide deacetylase  41.59 
 
 		 440 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00148769  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0697  polysaccharide deacetylase  41.92 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3341  polysaccharide deacetylase  42.17 
 
 		 256 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3575  polysaccharide deacetylase  41.92 
 
 		 439 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4792  putative polysaccharide deacetylase  41.13 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2377  polysaccharide deacetylase  40.45 
 
 		 439 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4083  polysaccharide deacetylase  44.2 
 
 		 270 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3076  polysaccharide deacetylase  41.56 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.112381  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1710  polysaccharide deacetylase  39.55 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.190308  normal  0.343412 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2434  polysaccharide deacetylase  40.87 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.591575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2378  polysaccharide deacetylase  40 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1576  polysaccharide deacetylase  39.53 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.503537  normal  0.197144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3574  polysaccharide deacetylase  40.43 
 
 		 267 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4793  putative polysaccharide deacetylase  38.16 
 
 		 393 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2435  polysaccharide deacetylase  37.72 
 
 		 428 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.328944  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1219  polysaccharide deacetylase  42.33 
 
 		 281 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000011337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1074  polysaccharide deacetylase  42.33 
 
 		 280 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000250549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3117  polysaccharide deacetylase  36.61 
 
 		 387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0342085  normal  0.78437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3452  chitin deacetylase  32.8 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0739  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000774609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0113  polysaccharide deacetylase  34.07 
 
 		 503 aa  102  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0824  polysaccharide deacetylase family protein  35.36 
 
 		 417 aa  101  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00745261  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03488  polysaccharide deacetylase  29.85 
 
 		 898 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0295  endo-1,4-beta-xylanase D  34.95 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0385637  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  28.1 
 
 		 890 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0771  polysaccharide deacetylase  34.52 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5072  polysaccharide deacetylase  27.16 
 
 		 355 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2313  hypothetical protein  29.53 
 
 		 903 aa  94  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.88432  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2223  polysaccharide deacetylase  29.53 
 
 		 900 aa  93.6  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.161248  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4627  polysaccharide deacetylase  33.52 
 
 		 283 aa  94  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  hitchhiker  0.00736578 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1987  polysaccharide deacetylase  32.96 
 
 		 256 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3202  glycosyl transferase and polysaccharide deacetylase fusion  31.79 
 
 		 1115 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00982946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3135  group-specific protein  31.79 
 
 		 1119 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3443  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  31.79 
 
 		 1115 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0228  polysaccharide deacetylase  29.44 
 
 		 1124 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1295  polysaccharide deacetylase  32.07 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0475838  normal  0.758896 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1595  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 1101 aa  90.9  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1500  polysaccharide deacetylase  32.54 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.101957  normal  0.04925 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1815  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  31.61 
 
 		 1115 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.259825 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1086  polysaccharide deacetylase  30.61 
 
 		 261 aa  90.1  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2705  polysaccharide deacetylase  31.28 
 
 		 242 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117989  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2712  polysaccharide deacetylase  34.57 
 
 		 204 aa  89.4  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2517  polysaccharide deacetylase  31.31 
 
 		 258 aa  89.7  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.197208  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2673  polysaccharide deacetylase  31.82 
 
 		 413 aa  89.4  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0653115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0662  xylanase/chitin deacetylase-like protein  28.73 
 
 		 468 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3023  polysaccharide deacetylase  28.92 
 
 		 1120 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3228  glycosyl transferase, group 2 family protein/polysaccharide deacetylase family protein  31.61 
 
 		 927 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.80947  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1621  xylanase/chitin deacetylase  31.72 
 
 		 488 aa  88.6  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4797  polysaccharide deacetylase  35 
 
 		 277 aa  89  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5401  polysaccharide deacetylase  31.89 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0475  polysaccharide deacetylase  32.76 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0117021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1187  polysaccharide deacetylase  28.42 
 
 		 292 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3431  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  31.28 
 
 		 1115 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1147  polysaccharide deacetylase  30.22 
 
 		 267 aa  87.8  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00801217  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8726  polysaccharide deacetylase  35.33 
 
 		 307 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0292  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 		 317 aa  87.8  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.858762 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2798  polysaccharide deacetylase  30.27 
 
 		 321 aa  87  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.133593 
 
 
-
 
NC_002978  WD0720  polysaccharide deacetylase, putative  30.77 
 
 		 279 aa  86.7  6e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  29.47 
 
 		 405 aa  86.7  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3002  polysaccharide deacetylase  32.98 
 
 		 354 aa  86.3  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.885061 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2788  cellulose-binding family II protein  32.09 
 
 		 364 aa  86.3  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.700875  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0287  polysaccharide deacetylase  28.27 
 
 		 871 aa  86.3  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  32.97 
 
 		 404 aa  85.9  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0797  polysaccharide deacetylase  33.54 
 
 		 301 aa  85.9  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0108437  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3360  polysaccharide deacetylase  31.84 
 
 		 202 aa  85.9  9e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0110446 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1829  polysaccharide deacetylase  29.95 
 
 		 300 aa  85.9  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000043926  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0652  polysaccharide deacetylase  30.98 
 
 		 302 aa  85.9  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.249248  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01852  Chitin deacetylasePutative uncharacterized protein (EC 3.5.1.41); [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BC78]  29.14 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1696  polysaccharide deacetylase  31.58 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.847499  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01940  predicted xylanase/chitin deacetylase  31.31 
 
 		 571 aa  84.3  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000016994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3458  group-specific protein  30.57 
 
 		 872 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3361  putative polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.342746  hitchhiker  0.00000000000000743733 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0123  polysaccharide deacetylase  30.33 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0633  polysaccharide deacetylase  30.33 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.256712 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1829  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00572259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2047  polysaccharide deacetylase, putative  32.45 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0303096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1795  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.532229  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0244  glycoside hydrolase family 11  28.87 
 
 		 692 aa  82.8  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1959  putative polysaccharide deacetylase  31.05 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.29961  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09380  Putative uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AQQ0]  28.57 
 
 		 237 aa  82  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.124183 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1778  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 275 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1961  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 275 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0210689  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3590  polysaccharide deacetylase  32.43 
 
 		 317 aa  82.4  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.132033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1449  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  32.28 
 
 		 251 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0900  polysaccharide deacetylase  31.16 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479614 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>