More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1948 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1948  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
348 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.171917 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3511  polysaccharide deacetylase  86.67 
 
 
346 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.269417  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2067  polysaccharide deacetylase  78.87 
 
 
356 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0425  polysaccharide deacetylase  61.36 
 
 
345 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1255  polysaccharide deacetylase  60.28 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0282  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  60.61 
 
 
350 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.347733  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3449  polysaccharide deacetylase  60.47 
 
 
312 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282005  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2943  polysaccharide deacetylase  60.7 
 
 
313 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.519142  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2500  polysaccharide deacetylase  56.76 
 
 
311 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2343  polysaccharide deacetylase  56.81 
 
 
322 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2107  polysaccharide deacetylase  54.85 
 
 
310 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1585  polysaccharide deacetylase  52.92 
 
 
308 aa  297  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3879  putative polysaccharide deacetylase  55.43 
 
 
260 aa  285  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.827287  normal  0.456812 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3342  polysaccharide deacetylase  44.09 
 
 
430 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.313292  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1620  polysaccharide deacetylase  40.55 
 
 
321 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0105344  normal  0.102129 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1710  polysaccharide deacetylase  39.29 
 
 
427 aa  181  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.190308  normal  0.343412 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3575  polysaccharide deacetylase  42.6 
 
 
439 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3077  polysaccharide deacetylase  38.96 
 
 
440 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00148769  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0697  polysaccharide deacetylase  40 
 
 
297 aa  173  5e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2377  polysaccharide deacetylase  39.55 
 
 
439 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2435  polysaccharide deacetylase  39.74 
 
 
428 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.328944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3341  polysaccharide deacetylase  38.4 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732984  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4792  putative polysaccharide deacetylase  38.53 
 
 
269 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4083  polysaccharide deacetylase  40.89 
 
 
270 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32938  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4793  putative polysaccharide deacetylase  37.34 
 
 
393 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1576  polysaccharide deacetylase  40 
 
 
307 aa  160  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.503537  normal  0.197144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3574  polysaccharide deacetylase  37.99 
 
 
267 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845428  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2434  polysaccharide deacetylase  38.43 
 
 
293 aa  157  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.591575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2378  polysaccharide deacetylase  39.19 
 
 
265 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3076  polysaccharide deacetylase  37.12 
 
 
265 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.112381  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1219  polysaccharide deacetylase  41.8 
 
 
281 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000011337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1074  polysaccharide deacetylase  41.27 
 
 
280 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000250549 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0113  polysaccharide deacetylase  33.52 
 
 
503 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0295  endo-1,4-beta-xylanase D  34.78 
 
 
373 aa  103  5e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0385637  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0824  polysaccharide deacetylase family protein  36.07 
 
 
417 aa  103  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00745261  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1295  polysaccharide deacetylase  35.87 
 
 
305 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0475838  normal  0.758896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3452  chitin deacetylase  32.98 
 
 
373 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203782  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3117  polysaccharide deacetylase  35.9 
 
 
387 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0342085  normal  0.78437 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0739  polysaccharide deacetylase  33.88 
 
 
324 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000774609  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0771  polysaccharide deacetylase  36.54 
 
 
299 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3002  polysaccharide deacetylase  35.75 
 
 
354 aa  98.6  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.885061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0228  polysaccharide deacetylase  31.66 
 
 
1124 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.523895 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1500  polysaccharide deacetylase  30.81 
 
 
320 aa  97.8  3e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.101957  normal  0.04925 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2798  polysaccharide deacetylase  31.96 
 
 
321 aa  97.4  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.133593 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4797  polysaccharide deacetylase  34.48 
 
 
277 aa  96.7  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1987  polysaccharide deacetylase  34.08 
 
 
256 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5072  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 
355 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3202  glycosyl transferase and polysaccharide deacetylase fusion  30 
 
 
1115 aa  94  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00982946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3135  group-specific protein  30 
 
 
1119 aa  94  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3443  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  30 
 
 
1115 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2705  polysaccharide deacetylase  33.15 
 
 
242 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117989  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1147  polysaccharide deacetylase  32.24 
 
 
267 aa  93.2  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00801217  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1621  xylanase/chitin deacetylase  32.42 
 
 
488 aa  93.2  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0123  polysaccharide deacetylase  30.45 
 
 
352 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2517  polysaccharide deacetylase  30.15 
 
 
258 aa  92.8  9e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.197208  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0797  polysaccharide deacetylase  35.44 
 
 
301 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0108437  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1815  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  29.65 
 
 
1115 aa  92  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.259825 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1595  polysaccharide deacetylase  31.58 
 
 
1101 aa  91.3  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0652  polysaccharide deacetylase  32.07 
 
 
302 aa  90.9  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.249248  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3360  polysaccharide deacetylase  32.22 
 
 
202 aa  90.5  4e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0110446 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4627  polysaccharide deacetylase  33.88 
 
 
283 aa  90.1  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474117  hitchhiker  0.00736578 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3431  polysaccharide deacetylase/glycosyl transferase, group 2 family protein  29.52 
 
 
1115 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03488  polysaccharide deacetylase  28.86 
 
 
898 aa  89.7  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3228  glycosyl transferase, group 2 family protein/polysaccharide deacetylase family protein  29.95 
 
 
927 aa  89.4  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.80947  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  30.93 
 
 
247 aa  89.4  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0662  xylanase/chitin deacetylase-like protein  30.22 
 
 
468 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0720  polysaccharide deacetylase, putative  28.85 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0647  polysaccharide deacetylase  34.02 
 
 
204 aa  87.8  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  31.05 
 
 
405 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2673  polysaccharide deacetylase  31.64 
 
 
413 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0653115  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7875  polysaccharide deacetylase  32.14 
 
 
752 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8726  polysaccharide deacetylase  32.79 
 
 
307 aa  87  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2404  polysaccharide deacetylase  29.41 
 
 
221 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.256857  normal  0.336364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0292  polysaccharide deacetylase  30.62 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.858762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2063  polysaccharide deacetylase  31.69 
 
 
248 aa  87  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0736381 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3458  group-specific protein  29.95 
 
 
872 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  29.1 
 
 
890 aa  85.9  9e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3023  polysaccharide deacetylase  29.39 
 
 
1120 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2712  polysaccharide deacetylase  32.45 
 
 
204 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1795  polysaccharide deacetylase  31.12 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.532229  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5401  polysaccharide deacetylase  31.31 
 
 
413 aa  84.3  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4706  polysaccharide deacetylase  32.47 
 
 
286 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0236101 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1821  polysaccharide deacetylase  31.12 
 
 
275 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0633  polysaccharide deacetylase  31.28 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.256712 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1778  polysaccharide deacetylase  31.12 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2788  cellulose-binding family II protein  30 
 
 
364 aa  84  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.700875  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1961  polysaccharide deacetylase  31.12 
 
 
275 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0210689  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1829  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000043926  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  31.84 
 
 
404 aa  83.6  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1449  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  28.64 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0800  polysaccharide deacetylase  28.02 
 
 
520 aa  83.2  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.58232 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1696  polysaccharide deacetylase  31.38 
 
 
234 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.847499  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1800  polysaccharide deacetylase  34.21 
 
 
372 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.358756  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1829  polysaccharide deacetylase  30.61 
 
 
276 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00572259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1959  putative polysaccharide deacetylase  33.15 
 
 
234 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.29961  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  28.28 
 
 
368 aa  82  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1086  polysaccharide deacetylase  34.9 
 
 
261 aa  82.4  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2068  putative polysaccharide deacetylase  30.61 
 
 
275 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000383766  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3069  polysaccharide deacetylase  28.43 
 
 
465 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0475  polysaccharide deacetylase  30 
 
 
336 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0117021  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>