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for query gene Pput_2892 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2892  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3550  TetR family transcriptional regulator  70.67 
 
 		 209 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123962  normal  0.200142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2908  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3524  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0849134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 221 aa  89  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 234 aa  85.1  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0992  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000245295 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5436  transcriptional regulator, TetR family  38.02 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.770498 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  33.15 
 
 		 194 aa  72  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3825  regulatory protein TetR  29.7 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  29.65 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1564  transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.127259  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2337  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181151 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4323  regulatory protein, TetR  29.53 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0245964 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2258  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0562664  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4763  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.781145  decreased coverage  0.0000189499 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3529  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5205  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155344  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5654  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.346197  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4581  TetR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000712688 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4014  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 248 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  38.33 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 214 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 228 aa  52  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 239 aa  51.6  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 		 217 aa  51.6  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1601  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 215 aa  51.6  0.000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  28.42 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3383  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  38.46 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3540  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 172 aa  51.2  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 221 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 230 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 225 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3059  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 225 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 183 aa  49.3  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 242 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 204 aa  49.3  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  49.3  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2273  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 236 aa  48.5  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.702073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  38.71 
 
 		 240 aa  48.5  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3413  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 246 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 374 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3293  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 200 aa  48.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000151669  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1567  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 202 aa  48.1  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.246189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 207 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1587  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 255 aa  48.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 196 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 210 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 220 aa  48.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2226  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.407434  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
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NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_2479  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 230 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  44.83 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_3008  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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