More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1189 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  95.24 
 
 		 357 aa  699    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  91.32 
 
 		 360 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  731    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  78.53 
 
 		 361 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  62.5 
 
 		 350 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  58.33 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  48.28 
 
 		 358 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 353 aa  329  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  49.25 
 
 		 358 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 371 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 359 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  41.16 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  41.16 
 
 		 370 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  41.16 
 
 		 370 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 353 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  41.16 
 
 		 370 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  40.87 
 
 		 370 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 371 aa  263  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 371 aa  263  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 353 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.28 
 
 		 371 aa  262  8e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.28 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.28 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.28 
 
 		 371 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  37.87 
 
 		 366 aa  261  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  38.78 
 
 		 371 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 351 aa  213  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 359 aa  189  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 350 aa  169  9e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.7 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  40.91 
 
 		 322 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 732 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 388 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  38.86 
 
 		 325 aa  129  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.61 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 485 aa  126  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  37.72 
 
 		 1644 aa  126  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 402 aa  126  5e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 539 aa  125  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.7 
 
 		 459 aa  125  9e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 408 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 569 aa  125  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 498 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 631 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.46 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.69 
 
 		 550 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  37.05 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.99 
 
 		 792 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 536 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 547 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 540 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 555 aa  122  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 674 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 671 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 378 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 384 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 381 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 564 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.5 
 
 		 560 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 764 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 668 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.05 
 
 		 525 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 517 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 632 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 510 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  39.31 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.95 
 
 		 1079 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 610 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 554 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 492 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>