More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4072 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 665 aa  816    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.57 
 
 		 685 aa  842    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.96 
 
 		 666 aa  794    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.19 
 
 		 666 aa  787    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.86 
 
 		 672 aa  820    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.96 
 
 		 683 aa  816    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.8 
 
 		 664 aa  1045    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.27 
 
 		 685 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.7 
 
 		 681 aa  811    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.46 
 
 		 638 aa  779    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.57 
 
 		 667 aa  794    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.89 
 
 		 717 aa  794    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  79.7 
 
 		 668 aa  1019    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.5 
 
 		 649 aa  778    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.11 
 
 		 702 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.13 
 
 		 698 aa  793    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.87 
 
 		 656 aa  837    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.86 
 
 		 672 aa  820    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 664 aa  1351    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.19 
 
 		 696 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.96 
 
 		 718 aa  794    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.09 
 
 		 714 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.88 
 
 		 667 aa  758    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.96 
 
 		 668 aa  1037    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.78 
 
 		 684 aa  811    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.39 
 
 		 659 aa  805    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.63 
 
 		 666 aa  798    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.18 
 
 		 711 aa  784    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.71 
 
 		 717 aa  805    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.31 
 
 		 671 aa  826    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.94 
 
 		 664 aa  1025    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.38 
 
 		 669 aa  781    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.17 
 
 		 666 aa  823    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.8 
 
 		 668 aa  799    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  79.7 
 
 		 668 aa  1019    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.68 
 
 		 674 aa  762    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.11 
 
 		 710 aa  768    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  79.64 
 
 		 667 aa  1026    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.18 
 
 		 685 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.86 
 
 		 650 aa  787    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.84 
 
 		 702 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 		 683 aa  568  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.8 
 
 		 622 aa  555  1e-156  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.34 
 
 		 622 aa  553  1e-156  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.07 
 
 		 610 aa  531  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 		 707 aa  531  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.39 
 
 		 621 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 615 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.3 
 
 		 620 aa  525  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.79 
 
 		 616 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  47.9 
 
 		 617 aa  524  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 615 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 615 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 615 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 615 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.3 
 
 		 620 aa  524  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.14 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 		 613 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 		 613 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 		 613 aa  520  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 		 613 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.83 
 
 		 608 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.22 
 
 		 631 aa  522  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 647 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.19 
 
 		 621 aa  515  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.99 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  47.99 
 
 		 614 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.99 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.15 
 
 		 598 aa  515  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.28 
 
 		 616 aa  515  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.19 
 
 		 621 aa  514  1e-144  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 		 616 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.3 
 
 		 586 aa  513  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  44.71 
 
 		 644 aa  511  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.8 
 
 		 855 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 		 623 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.97 
 
 		 616 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.54 
 
 		 623 aa  505  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.59 
 
 		 599 aa  503  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.4 
 
 		 900 aa  499  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.41 
 
 		 746 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.75 
 
 		 754 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.48 
 
 		 797 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.43 
 
 		 801 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.38 
 
 		 678 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.95 
 
 		 808 aa  495  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  46.67 
 
 		 594 aa  494  9.999999999999999e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  45.44 
 
 		 784 aa  495  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.51 
 
 		 781 aa  489  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.2 
 
 		 635 aa  489  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1260  putative sigma-70 factor (RpoD)  47.18 
 
 		 647 aa  486  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1124  sigma 70 (RpoD)  47.57 
 
 		 648 aa  487  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.675922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.96 
 
 		 754 aa  484  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.14 
 
 		 642 aa  480  1e-134  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.79 
 
 		 698 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  44.79 
 
 		 698 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.39 
 
 		 588 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  63.77 
 
 		 602 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.51 
 
 		 665 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  41.51 
 
 		 665 aa  452  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>