More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0443 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  100 
 
 		 378 aa  782    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.56 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 753 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 487 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 738 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 454 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 591 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 477 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.21 
 
 		 628 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.23 
 
 		 353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.64 
 
 		 669 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.68 
 
 		 791 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  42.14 
 
 		 347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  35.39 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 569 aa  127  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.15 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 569 aa  126  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 370 aa  126  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  37.56 
 
 		 323 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 320 aa  126  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 464 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.14 
 
 		 560 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 379 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  38.38 
 
 		 721 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  38.51 
 
 		 470 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  40 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 531 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  37.77 
 
 		 588 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.46 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 769 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 172 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.07 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 373 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  34 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 638 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.02 
 
 		 1079 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  34 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.07 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  29.03 
 
 		 364 aa  124  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  36.18 
 
 		 266 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.05 
 
 		 509 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 620 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 473 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 548 aa  123  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  37.08 
 
 		 428 aa  123  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 775 aa  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 718 aa  123  7e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 628 aa  123  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 334 aa  122  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  34 
 
 		 342 aa  122  8e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  38.42 
 
 		 641 aa  122  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 398 aa  122  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 628 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.24 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 621 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 463 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 467 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 369 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 499 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 650 aa  122  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.92 
 
 		 625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 582 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.24 
 
 		 499 aa  121  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 350 aa  121  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  37.5 
 
 		 609 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>