More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2812 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  655    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  79.29 
 
 		 328 aa  498  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  68.03 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.85 
 
 		 299 aa  348  6e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.85 
 
 		 299 aa  348  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  64.85 
 
 		 299 aa  348  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  57.61 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.86 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  59.66 
 
 		 317 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  56.49 
 
 		 305 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  60.55 
 
 		 305 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  54.92 
 
 		 342 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.91 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.05 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.62 
 
 		 316 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  46.18 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.27 
 
 		 324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.96 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44.21 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.41 
 
 		 318 aa  195  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.94 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.22 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 374 aa  192  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.94 
 
 		 315 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.28 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.25 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.49 
 
 		 316 aa  189  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.05 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  38.15 
 
 		 201 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  37.57 
 
 		 200 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  38.24 
 
 		 168 aa  99  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  38.27 
 
 		 591 aa  96.7  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  40.41 
 
 		 579 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  42.01 
 
 		 203 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  40 
 
 		 173 aa  93.6  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.67 
 
 		 579 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.08 
 
 		 593 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.67 
 
 		 604 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  41.42 
 
 		 192 aa  90.9  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  39.31 
 
 		 179 aa  90.1  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  38.16 
 
 		 169 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.06 
 
 		 171 aa  89  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.71 
 
 		 168 aa  88.2  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  37.5 
 
 		 175 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  39.49 
 
 		 191 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  43.86 
 
 		 172 aa  87  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  36.31 
 
 		 174 aa  87  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.63 
 
 		 594 aa  86.3  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  37.35 
 
 		 177 aa  85.5  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  32.7 
 
 		 176 aa  85.5  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  35.22 
 
 		 183 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  34.68 
 
 		 199 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  32.65 
 
 		 171 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  37.82 
 
 		 199 aa  85.1  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  38.65 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  37.74 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.26 
 
 		 175 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  32.14 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  33.33 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  34.78 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  35.43 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.34 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  28.32 
 
 		 174 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  28.32 
 
 		 174 aa  82.4  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.78 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34.32 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  29.44 
 
 		 454 aa  81.6  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  36.08 
 
 		 206 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  45.63 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  35.5 
 
 		 167 aa  80.9  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  42.28 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  39.31 
 
 		 190 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.3 
 
 		 197 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.04 
 
 		 172 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.12 
 
 		 174 aa  78.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.43 
 
 		 192 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 615 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  36.59 
 
 		 180 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.27 
 
 		 190 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  31.61 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  25.57 
 
 		 495 aa  78.2  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  37.58 
 
 		 188 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.68 
 
 		 170 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  34.21 
 
 		 208 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  28.66 
 
 		 172 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  35.37 
 
 		 180 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  34.1 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  32.06 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  38.12 
 
 		 552 aa  77.4  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  38.82 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  33.33 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  35.45 
 
 		 166 aa  77.4  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  33.76 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  35.44 
 
 		 161 aa  77.4  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>