More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2126 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  90.62 
 
 
416 aa  783    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
416 aa  847    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  68.84 
 
 
415 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  68.04 
 
 
416 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  67.55 
 
 
416 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  73.91 
 
 
418 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  68.36 
 
 
414 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  70.91 
 
 
414 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
436 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
417 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
408 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
406 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 
448 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
402 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
458 aa  161  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
434 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
421 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.67 
 
 
403 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.34 
 
 
387 aa  137  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
418 aa  136  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.8 
 
 
385 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.42 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.23 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
401 aa  130  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
413 aa  126  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
397 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
406 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.65 
 
 
401 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
394 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
403 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.88 
 
 
381 aa  107  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.52 
 
 
406 aa  107  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.29 
 
 
406 aa  106  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
381 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
407 aa  103  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
439 aa  100  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
339 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
411 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.39 
 
 
376 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
401 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
470 aa  93.6  6e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
417 aa  92.8  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
409 aa  91.3  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
374 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
405 aa  90.1  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 
406 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.65 
 
 
396 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
371 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.01 
 
 
404 aa  87.4  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
396 aa  87  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
459 aa  86.7  8e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
399 aa  86.3  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
376 aa  86.3  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
402 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
453 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1548  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
405 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348636  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  21.72 
 
 
393 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 
396 aa  85.1  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
397 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
405 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  22.69 
 
 
413 aa  84  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
414 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
386 aa  83.2  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  26.96 
 
 
394 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
379 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
405 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
383 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
395 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
376 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1675  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
387 aa  80.5  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0898959 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.82 
 
 
378 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
397 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
395 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
404 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
382 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
404 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 
405 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  23.5 
 
 
450 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
405 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
372 aa  79  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 
388 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
382 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
404 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>