226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3277 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 188 aa  373  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  48.57 
 
 		 169 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  42.17 
 
 		 166 aa  109  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  38.04 
 
 		 176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 		 198 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  37.14 
 
 		 176 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  41.52 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 		 169 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  41.52 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  40.13 
 
 		 199 aa  101  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  37.22 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  40.59 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 175 aa  98.2  6e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  36.87 
 
 		 176 aa  97.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  40.72 
 
 		 200 aa  97.1  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  39.34 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  35.52 
 
 		 187 aa  95.5  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  35.96 
 
 		 173 aa  95.5  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 		 201 aa  95.1  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  36.99 
 
 		 185 aa  94.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 189 aa  92.4  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 189 aa  92.4  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 189 aa  91.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 212 aa  91.7  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 		 173 aa  90.9  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 		 185 aa  89.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 		 176 aa  89  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  37.71 
 
 		 231 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 		 221 aa  87.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 		 223 aa  87  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  35.19 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 		 223 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  38.18 
 
 		 171 aa  85.1  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  36.65 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  32.69 
 
 		 191 aa  77.4  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 		 170 aa  64.3  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 184 aa  62  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 176 aa  62  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  30.22 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  34.62 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  25.93 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.3 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  32.03 
 
 		 157 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 		 170 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  28.19 
 
 		 173 aa  57.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  26.38 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 		 172 aa  53.9  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  28.3 
 
 		 169 aa  53.9  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  33.07 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  29.46 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  28.44 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  34.12 
 
 		 172 aa  53.1  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  28.44 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  28.44 
 
 		 176 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  28.44 
 
 		 176 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 		 170 aa  52.4  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  22.11 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 		 174 aa  51.6  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  32.7 
 
 		 170 aa  52  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  22.75 
 
 		 176 aa  51.6  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  28.86 
 
 		 175 aa  51.2  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 		 221 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  24.39 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 		 220 aa  50.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  27.71 
 
 		 167 aa  51.2  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  24.39 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>