151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3004 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3004  regulatory protein TetR  100 
 
 		 230 aa  454  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.587932  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3167  TetR family transcriptional regulator  55.35 
 
 		 236 aa  223  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0319866  normal  0.111754 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3626  transcriptional regulator, TetR family  52.7 
 
 		 261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3414  TetR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 226 aa  214  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2858  TetR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 217 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2902  TetR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 217 aa  209  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11846  transcriptional regulator  52.34 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.360584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2888  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3810  TetR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 247 aa  184  8e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0872  regulatory protein, TetR  47.53 
 
 		 230 aa  161  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.209107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11960  transcriptional regulator, tetR family  45.65 
 
 		 251 aa  158  8e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184104  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4146  transcriptional regulator, TetR family  41.9 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1166  TetR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 278 aa  150  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0604682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22990  transcriptional regulator  42.52 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0933864  normal  0.028216 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  41.06 
 
 		 236 aa  141  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1822  putative transcriptional regulator, TetR family  40.93 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3452  transcriptional regulator, TetR family  43 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000897017  hitchhiker  0.00397123 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  41.74 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  40.49 
 
 		 276 aa  128  6e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2082  transcriptional regulator, TetR family  38.94 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  43.2 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  38.79 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0380  transcriptional regulator, TetR family  34.56 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.50033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1142  transcriptional regulator, TetR family  41.71 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0060  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 232 aa  99  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5469  putative transcriptional regulator, TetR family  35.27 
 
 		 241 aa  97.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200431 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  44.26 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 225 aa  95.1  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0550  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 283 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 254 aa  93.6  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1731  hypothetical protein  30 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.45511  normal  0.806677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0701  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 261 aa  89  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.684816  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6490  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0105405  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6613  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2394  transcriptional regulator, TetR family  32.27 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0168964  decreased coverage  0.00129293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8207  putative transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3766  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10720  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.676593 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16600  transcriptional regulator, tetR family  29.44 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35360  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7073  transcriptional regulator, TetR family  28.69 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.672487  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1913  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5129  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.287917  normal  0.539505 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5775  hypothetical protein  32.2 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2845  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 260 aa  72  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4061  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0095  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  36.84 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0524  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.576052  hitchhiker  0.0000164085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 230 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0424  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 257 aa  52  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  30.11 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 192 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 204 aa  49.3  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 206 aa  48.9  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 193 aa  48.5  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2994  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 203 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2788  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  28.23 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 195 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0026  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 194 aa  46.6  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.348467  normal  0.209562 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 215 aa  45.8  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 208 aa  45.8  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  27.62 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 204 aa  45.8  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 196 aa  45.8  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4951  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 239 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.717286  normal  0.572747 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  46.34 
 
 		 248 aa  45.4  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  28.04 
 
 		 205 aa  45.4  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4300  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 225 aa  45.4  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 195 aa  45.4  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 196 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 189 aa  44.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>