More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1374 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1374  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 398 aa  782    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.574602  normal  0.142388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5141  preprotein translocase subunit SecF  69.1 
 
 		 417 aa  523  1e-147  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.358124  hitchhiker  0.00205157 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1340  preprotein translocase subunit SecF  48.33 
 
 		 414 aa  343  2e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.265736  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3815  preprotein translocase subunit SecF  46.12 
 
 		 422 aa  307  3e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130348  normal  0.401094 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2114  protein-export membrane protein SecF  49.54 
 
 		 390 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00205616  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2584  preprotein translocase subunit SecF  47.15 
 
 		 423 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.173731  normal  0.904597 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2316  preprotein translocase subunit SecF  45.93 
 
 		 417 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.658853  normal  0.312291 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2277  preprotein translocase subunit SecF  45.93 
 
 		 417 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2324  preprotein translocase subunit SecF  45.93 
 
 		 417 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223224  normal  0.628952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6108  preprotein translocase subunit SecF  46.95 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.359416  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12606  preprotein translocase subunit SecF  45.32 
 
 		 442 aa  295  1e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2357  protein-export membrane protein SecF  44.19 
 
 		 389 aa  286  2.9999999999999996e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1813  protein-export membrane protein SecF  42.82 
 
 		 394 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.126223  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2060  protein-export membrane protein SecF  51.78 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.616528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3173  protein-export membrane protein SecF  51.13 
 
 		 453 aa  283  5.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.12818  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1803  protein-export membrane protein SecF  44.41 
 
 		 394 aa  279  6e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162985  decreased coverage  0.00000393416 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1696  protein-export membrane protein SecF  44.39 
 
 		 396 aa  279  8e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467956  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2390  protein translocase subunit secF  44.61 
 
 		 412 aa  276  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15110  protein translocase subunit secF  43.63 
 
 		 414 aa  272  8.000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.66233 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1997  protein-export membrane protein SecF  46.71 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.498449  normal  0.0822875 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3050  protein-export membrane protein SecF  46.67 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3390  protein-export membrane protein SecF  45.71 
 
 		 432 aa  268  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000120226  hitchhiker  0.000235272 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3823  protein-export membrane protein SecF  39.56 
 
 		 416 aa  264  2e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.344735  normal  0.619548 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1365  protein-export membrane protein SecF  44.08 
 
 		 366 aa  263  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2305  protein-export membrane protein SecF  42.74 
 
 		 421 aa  257  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.879944  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15300  protein translocase subunit secF  47.32 
 
 		 406 aa  256  5e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.54161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17560  protein translocase subunit secF  49.38 
 
 		 371 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.095972 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13990  protein translocase subunit secF  43.43 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.269244  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2298  preprotein translocase subunit SecF  41.36 
 
 		 340 aa  247  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.185965  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0946  protein-export membrane protein SecF  44.04 
 
 		 349 aa  246  4e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1799  protein-export membrane protein SecF  46.35 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.544061  normal  0.135983 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2028  preprotein translocase subunit SecF  40.41 
 
 		 338 aa  239  8e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000424362 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1943  protein-export membrane protein SecF  44.87 
 
 		 374 aa  234  2.0000000000000002e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00503357  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1671  protein-export membrane protein SecF  44.34 
 
 		 363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12850  protein translocase subunit secF  42.26 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0129827  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  31.42 
 
 		 977 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  35.67 
 
 		 989 aa  192  8e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1690  preprotein translocase subunit SecF  35.76 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.113213  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  40.07 
 
 		 855 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12250  protein-export membrane protein SecF  35.42 
 
 		 286 aa  180  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000312155  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  34.47 
 
 		 900 aa  176  7e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1271  preprotein translocase subunit SecF  36.72 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1463  preprotein translocase subunit SecF  34.58 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000137336  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1335  protein translocase subunit secF  39.16 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  31.16 
 
 		 280 aa  168  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000449698  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1124  preprotein translocase subunit SecF  35.84 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1355  preprotein translocase subunit SecF  35.71 
 
 		 293 aa  166  9e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  35.57 
 
 		 759 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0626  protein-export membrane protein SecF  31.33 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000549124  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1891  preprotein translocase subunit SecF  33.86 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000401903  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2885  preprotein translocase subunit SecF  32.68 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  31.19 
 
 		 735 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1341  protein-export membrane protein SecF  31.77 
 
 		 298 aa  152  1e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  30.91 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.78 
 
 		 911 aa  149  8e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  29.97 
 
 		 307 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.3 
 
 		 762 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  32.81 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  32.81 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  32.5 
 
 		 323 aa  146  8.000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1115  protein-export membrane protein SecF  31.05 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  33.33 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.7 
 
 		 991 aa  145  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.58 
 
 		 750 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0013  preprotein translocase subunit SecF  36.04 
 
 		 309 aa  144  4e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1797  preprotein translocase subunit SecF  32.51 
 
 		 307 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1670  preprotein translocase subunit SecF  31.62 
 
 		 292 aa  143  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00270917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0540  preprotein translocase subunit SecF  31.4 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0258314 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5076  preprotein translocase subunit SecF  33.98 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2737  protein-export membrane protein SecF  30.38 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.468895  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3211  preprotein translocase subunit SecF  34.83 
 
 		 310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.828599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1216  protein-export membrane protein SecF  32.54 
 
 		 291 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0233184  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  34.47 
 
 		 761 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1907  preprotein translocase subunit SecF  29.77 
 
 		 289 aa  140  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0418717  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2196  preprotein translocase subunit SecF  30.28 
 
 		 289 aa  138  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.75 
 
 		 1055 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  32.84 
 
 		 740 aa  137  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  31.86 
 
 		 302 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  33.22 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  31.86 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  32.3 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1107  preprotein translocase subunit SecF  33.01 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0908186  normal  0.232496 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  30.27 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.71 
 
 		 763 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  31.29 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  31.88 
 
 		 315 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  31.45 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2443  preprotein translocase subunit SecF  29.64 
 
 		 347 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000105757  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  31.29 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  31.21 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1695  preprotein translocase subunit SecF  32.53 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  31.75 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0066  protein-export membrane protein SecF  29.39 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  34.07 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.21 
 
 		 991 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  31.45 
 
 		 885 aa  133  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.72 
 
 		 750 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  30.49 
 
 		 323 aa  133  6.999999999999999e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  31.39 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  31.7 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>