More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6254 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.76 
 
 
996 aa  743    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.06 
 
 
981 aa  696    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.14 
 
 
995 aa  750    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.29 
 
 
990 aa  755    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.4 
 
 
991 aa  696    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 
1055 aa  2147    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  40.82 
 
 
1029 aa  746    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  41.79 
 
 
1001 aa  758    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.51 
 
 
991 aa  680    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.07 
 
 
995 aa  674    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  37.3 
 
 
622 aa  397  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.15 
 
 
856 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.57 
 
 
853 aa  357  5e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.16 
 
 
856 aa  353  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  35.54 
 
 
759 aa  352  2e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.12 
 
 
848 aa  348  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  33.33 
 
 
849 aa  344  5.999999999999999e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.93 
 
 
849 aa  339  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.08 
 
 
845 aa  335  3e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.97 
 
 
844 aa  332  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.12 
 
 
844 aa  330  8e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  34.16 
 
 
740 aa  328  4.0000000000000003e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  33.8 
 
 
735 aa  318  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.55 
 
 
839 aa  315  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  30.95 
 
 
843 aa  310  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  33.83 
 
 
619 aa  309  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.41 
 
 
846 aa  308  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  32.91 
 
 
638 aa  308  5.0000000000000004e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.16 
 
 
844 aa  306  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.09 
 
 
846 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.05 
 
 
834 aa  304  6.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  32.25 
 
 
607 aa  302  3e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.12 
 
 
759 aa  301  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.08 
 
 
762 aa  301  6e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  30.17 
 
 
761 aa  299  2e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  27.93 
 
 
989 aa  299  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.49 
 
 
785 aa  298  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.49 
 
 
785 aa  298  4e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  32.27 
 
 
748 aa  292  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  31.5 
 
 
605 aa  291  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  32.79 
 
 
624 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.76 
 
 
750 aa  277  9e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.7 
 
 
756 aa  272  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0733  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.69 
 
 
1400 aa  271  7e-71  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.54 
 
 
752 aa  269  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.59 
 
 
750 aa  266  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  265  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.33 
 
 
754 aa  265  4e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  264  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  264  6.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  29.66 
 
 
885 aa  263  8.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.01 
 
 
754 aa  263  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  263  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
754 aa  263  2e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.85 
 
 
754 aa  261  6e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.01 
 
 
754 aa  260  8e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.49 
 
 
755 aa  259  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  44.56 
 
 
530 aa  258  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  28.73 
 
 
793 aa  254  6e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  45.52 
 
 
525 aa  253  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  40.97 
 
 
595 aa  251  4e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  42.65 
 
 
531 aa  244  6e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  44.48 
 
 
533 aa  243  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  40.81 
 
 
594 aa  243  2e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  41.54 
 
 
533 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.04 
 
 
858 aa  241  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  42.86 
 
 
533 aa  241  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.63 
 
 
763 aa  241  8e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  43.17 
 
 
532 aa  238  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  42.55 
 
 
554 aa  238  6e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  29.11 
 
 
613 aa  237  8e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 
554 aa  237  9e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  42.81 
 
 
532 aa  237  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  44.64 
 
 
535 aa  236  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  43.57 
 
 
533 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.58 
 
 
759 aa  236  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.58 
 
 
759 aa  236  2.0000000000000002e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  43.59 
 
 
530 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  43.21 
 
 
533 aa  235  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  42.61 
 
 
406 aa  234  6e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  39.22 
 
 
503 aa  234  7.000000000000001e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  44.16 
 
 
532 aa  234  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  43.97 
 
 
535 aa  233  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  41.29 
 
 
308 aa  232  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  29.38 
 
 
734 aa  231  4e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  41.46 
 
 
534 aa  231  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  41.24 
 
 
532 aa  231  7e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  42.05 
 
 
556 aa  231  8e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  42.86 
 
 
533 aa  229  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  41.73 
 
 
530 aa  228  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  40.06 
 
 
473 aa  228  4e-58  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  40.21 
 
 
554 aa  228  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1349  protein-export membrane protein SecD  32.29 
 
 
997 aa  227  9e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.853966  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 
554 aa  227  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  40.2 
 
 
532 aa  226  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 
554 aa  227  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  37.69 
 
 
512 aa  226  1e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  41.79 
 
 
533 aa  225  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  41.43 
 
 
533 aa  225  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1073  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.34 
 
 
753 aa  223  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0361267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>