More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0716 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  100 
 
 
734 aa  1484    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  31.4 
 
 
735 aa  356  7.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  44.12 
 
 
441 aa  324  4e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000245038  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.19 
 
 
750 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.58 
 
 
856 aa  291  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  29.12 
 
 
761 aa  291  4e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  42.01 
 
 
445 aa  289  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.16 
 
 
848 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.07 
 
 
754 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.07 
 
 
754 aa  283  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31 
 
 
754 aa  283  1e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.07 
 
 
754 aa  283  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  39.9 
 
 
415 aa  282  1e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000418015  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.81 
 
 
754 aa  282  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  29.77 
 
 
740 aa  281  3e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.31 
 
 
856 aa  281  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.07 
 
 
754 aa  281  4e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.07 
 
 
754 aa  281  4e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.97 
 
 
763 aa  280  8e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.81 
 
 
754 aa  279  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.64 
 
 
750 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.86 
 
 
853 aa  278  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.86 
 
 
849 aa  277  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.45 
 
 
846 aa  277  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.79 
 
 
755 aa  275  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.8 
 
 
846 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.54 
 
 
754 aa  274  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  29.51 
 
 
759 aa  273  7e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.68 
 
 
981 aa  273  1e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.5 
 
 
996 aa  270  8e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.54 
 
 
845 aa  269  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30 
 
 
752 aa  269  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.67 
 
 
995 aa  268  2.9999999999999995e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.4 
 
 
759 aa  268  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.4 
 
 
759 aa  268  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.44 
 
 
844 aa  266  7e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  29.81 
 
 
843 aa  266  7e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.44 
 
 
844 aa  264  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  30.61 
 
 
748 aa  263  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  29.91 
 
 
1029 aa  263  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.76 
 
 
839 aa  262  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  30 
 
 
1001 aa  256  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  28.8 
 
 
989 aa  252  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  28.36 
 
 
849 aa  248  4e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.8 
 
 
834 aa  244  6e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.17 
 
 
762 aa  243  9e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.58 
 
 
759 aa  242  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.88 
 
 
844 aa  242  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.38 
 
 
1055 aa  240  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  27.77 
 
 
855 aa  240  6.999999999999999e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.92 
 
 
995 aa  236  2.0000000000000002e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.63 
 
 
990 aa  234  5e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.44 
 
 
991 aa  233  8.000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.07 
 
 
756 aa  231  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  36.48 
 
 
403 aa  231  4e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.6 
 
 
911 aa  226  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.32 
 
 
991 aa  226  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  34.62 
 
 
419 aa  225  2e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  28.76 
 
 
885 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  33.89 
 
 
419 aa  223  9e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  26.21 
 
 
785 aa  221  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  26.21 
 
 
785 aa  221  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  38.19 
 
 
411 aa  221  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000572302  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  34.83 
 
 
461 aa  221  5e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  33.86 
 
 
411 aa  219  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.98 
 
 
858 aa  217  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1073  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.18 
 
 
753 aa  216  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0361267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 
410 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  35.33 
 
 
413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  27.99 
 
 
793 aa  210  7e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  35.34 
 
 
399 aa  208  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  33.59 
 
 
406 aa  208  3e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  32.51 
 
 
416 aa  203  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0537  protein-export membrane protein SecF  34.6 
 
 
327 aa  202  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000416815  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  34.25 
 
 
403 aa  201  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000764404  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  32.71 
 
 
423 aa  197  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  34.51 
 
 
530 aa  191  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  29.31 
 
 
503 aa  188  4e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  29.98 
 
 
470 aa  187  4e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  32.24 
 
 
594 aa  187  8e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  32.24 
 
 
594 aa  187  8e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  35.62 
 
 
554 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  36.9 
 
 
474 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  38.65 
 
 
512 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  37.27 
 
 
554 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  37.14 
 
 
525 aa  184  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  32.14 
 
 
470 aa  183  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  32.14 
 
 
470 aa  183  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  39.92 
 
 
556 aa  182  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  31.22 
 
 
533 aa  182  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  31.12 
 
 
461 aa  182  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  32.15 
 
 
533 aa  182  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  32.3 
 
 
531 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  36.53 
 
 
554 aa  181  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  36.53 
 
 
554 aa  181  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  33.16 
 
 
530 aa  181  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  30.97 
 
 
534 aa  181  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  38.41 
 
 
535 aa  181  4.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  32.71 
 
 
531 aa  181  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0504  protein-export membrane protein SecD  28.54 
 
 
462 aa  180  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000522922  hitchhiker  0.000170526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>