More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1349 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1349  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 997 aa  1996    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.853966  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  31.95 
 
 		 849 aa  253  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.43 
 
 		 990 aa  249  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  37.96 
 
 		 533 aa  247  9e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  36.13 
 
 		 533 aa  238  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.64 
 
 		 995 aa  236  1.0000000000000001e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 		 530 aa  231  7e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 		 533 aa  229  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.29 
 
 		 1055 aa  230  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  37.62 
 
 		 532 aa  230  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  35.13 
 
 		 525 aa  229  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  36.47 
 
 		 532 aa  229  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  36.83 
 
 		 532 aa  226  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  32.83 
 
 		 530 aa  224  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  33.15 
 
 		 533 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  35.17 
 
 		 533 aa  222  3.9999999999999997e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  34.81 
 
 		 535 aa  221  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  36.52 
 
 		 613 aa  220  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  36.7 
 
 		 554 aa  219  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  32.8 
 
 		 843 aa  219  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.01 
 
 		 849 aa  219  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  30.52 
 
 		 1001 aa  219  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.86 
 
 		 996 aa  219  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  33.27 
 
 		 534 aa  218  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  35.25 
 
 		 554 aa  218  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  34.37 
 
 		 531 aa  218  5.9999999999999996e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  36.81 
 
 		 524 aa  218  5.9999999999999996e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  36.3 
 
 		 613 aa  217  8e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  36.17 
 
 		 613 aa  216  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  34.59 
 
 		 530 aa  216  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.92 
 
 		 856 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  33.89 
 
 		 512 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  36.17 
 
 		 533 aa  215  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.71 
 
 		 991 aa  214  4.9999999999999996e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  34.62 
 
 		 611 aa  214  7e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.05 
 
 		 848 aa  213  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  43.11 
 
 		 622 aa  212  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  36.96 
 
 		 554 aa  213  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  36.96 
 
 		 554 aa  213  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  37.25 
 
 		 1029 aa  212  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  33.46 
 
 		 532 aa  212  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  35.01 
 
 		 554 aa  211  6e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  35.92 
 
 		 534 aa  210  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  30.14 
 
 		 793 aa  209  3e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  34.54 
 
 		 526 aa  209  3e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  36.47 
 
 		 554 aa  208  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.52 
 
 		 981 aa  207  6e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  36.02 
 
 		 556 aa  207  9e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32 
 
 		 853 aa  207  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  32.9 
 
 		 465 aa  207  1e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  31.69 
 
 		 503 aa  206  1e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  33.12 
 
 		 465 aa  206  2e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  32.1 
 
 		 605 aa  205  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  34.94 
 
 		 526 aa  204  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  30.58 
 
 		 533 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  32.68 
 
 		 473 aa  204  9.999999999999999e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.38 
 
 		 844 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  32.54 
 
 		 594 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  40.56 
 
 		 607 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  33.85 
 
 		 594 aa  203  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.6 
 
 		 856 aa  202  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  32.54 
 
 		 594 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  34.54 
 
 		 510 aa  203  1.9999999999999998e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  33.71 
 
 		 474 aa  202  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  33.26 
 
 		 505 aa  202  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  35.59 
 
 		 533 aa  202  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  31.5 
 
 		 423 aa  201  3.9999999999999996e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  40.14 
 
 		 638 aa  201  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  35.34 
 
 		 533 aa  201  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  34.16 
 
 		 533 aa  200  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  30.57 
 
 		 595 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  31.57 
 
 		 740 aa  199  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  33.41 
 
 		 533 aa  199  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  32.32 
 
 		 508 aa  199  3e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  34.05 
 
 		 534 aa  199  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.71 
 
 		 995 aa  198  4.0000000000000005e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  33.99 
 
 		 532 aa  197  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.96 
 
 		 834 aa  197  8.000000000000001e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.43 
 
 		 839 aa  197  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  33.04 
 
 		 470 aa  196  2e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  32.15 
 
 		 521 aa  195  3e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  33.08 
 
 		 535 aa  195  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  40.94 
 
 		 619 aa  194  6e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  33.89 
 
 		 533 aa  193  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  31.18 
 
 		 759 aa  193  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 531 aa  193  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  32.16 
 
 		 461 aa  192  2e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  33.96 
 
 		 526 aa  193  2e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  33.81 
 
 		 521 aa  192  2e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  32.23 
 
 		 464 aa  190  1e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  35.37 
 
 		 457 aa  189  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.87 
 
 		 845 aa  188  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.84 
 
 		 991 aa  187  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  34.06 
 
 		 529 aa  187  7e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  31.49 
 
 		 614 aa  187  8e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0672  preprotein translocase subunit SecD  29.82 
 
 		 586 aa  187  9e-46  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  33.02 
 
 		 551 aa  187  9e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  40.21 
 
 		 624 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  33.25 
 
 		 522 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.68 
 
 		 844 aa  186  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>