More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0503 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  72.1 
 
 		 533 aa  805    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  72.93 
 
 		 532 aa  803    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 534 aa  1079    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  67.42 
 
 		 530 aa  751    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  72.47 
 
 		 533 aa  791    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  72.74 
 
 		 532 aa  806    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  73.6 
 
 		 533 aa  822    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  70.41 
 
 		 530 aa  773    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  53.92 
 
 		 533 aa  571  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  47.65 
 
 		 533 aa  489  1e-137  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  49.44 
 
 		 524 aa  479  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  44.59 
 
 		 531 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  43.45 
 
 		 530 aa  442  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  44.36 
 
 		 525 aa  437  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  43.53 
 
 		 533 aa  432  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  42.32 
 
 		 532 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  41.39 
 
 		 532 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  42.78 
 
 		 526 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  42.11 
 
 		 533 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  41.35 
 
 		 532 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  41.25 
 
 		 533 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  40.67 
 
 		 534 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  41.31 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 		 533 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 533 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  40.56 
 
 		 594 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  40.56 
 
 		 594 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.83 
 
 		 856 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  39.85 
 
 		 535 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  39.64 
 
 		 632 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  39.45 
 
 		 632 aa  375  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  40.28 
 
 		 632 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.4 
 
 		 856 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  39.08 
 
 		 531 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.33 
 
 		 839 aa  365  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  39.92 
 
 		 625 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  39.88 
 
 		 512 aa  362  6e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  40.6 
 
 		 618 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 		 510 aa  358  9.999999999999999e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  39.76 
 
 		 626 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  39.5 
 
 		 609 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  38.11 
 
 		 535 aa  356  5e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  38.98 
 
 		 640 aa  353  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  41.34 
 
 		 521 aa  354  2.9999999999999997e-96  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  40.12 
 
 		 621 aa  352  1e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  37.87 
 
 		 532 aa  350  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.42 
 
 		 853 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  39.47 
 
 		 526 aa  350  5e-95  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  38.78 
 
 		 633 aa  349  8e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 614 aa  348  1e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  39.6 
 
 		 554 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  39.55 
 
 		 526 aa  347  2e-94  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  39.33 
 
 		 636 aa  348  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  38.94 
 
 		 529 aa  345  8e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  38.17 
 
 		 534 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  38.11 
 
 		 554 aa  345  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 		 554 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  40.08 
 
 		 627 aa  341  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  37.84 
 
 		 534 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 		 531 aa  340  5e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  38.51 
 
 		 626 aa  340  5e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  39.4 
 
 		 535 aa  340  5.9999999999999996e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  37.36 
 
 		 533 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.63 
 
 		 845 aa  338  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  38.56 
 
 		 521 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  39.53 
 
 		 604 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  38.61 
 
 		 534 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  37.62 
 
 		 623 aa  337  5e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.45 
 
 		 844 aa  336  5.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.43 
 
 		 848 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  37.11 
 
 		 554 aa  336  7e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.11 
 
 		 554 aa  336  7e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.9 
 
 		 844 aa  336  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.99 
 
 		 849 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  34.89 
 
 		 613 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.01 
 
 		 844 aa  333  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  38.68 
 
 		 621 aa  333  5e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  38.19 
 
 		 618 aa  332  1e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  36.12 
 
 		 554 aa  330  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  37.94 
 
 		 621 aa  329  7e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  35.21 
 
 		 611 aa  329  8e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  37.1 
 
 		 626 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  36.84 
 
 		 556 aa  328  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  38.78 
 
 		 625 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  37.05 
 
 		 537 aa  327  3e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  37.04 
 
 		 532 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  37.55 
 
 		 629 aa  327  5e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  37.04 
 
 		 532 aa  326  6e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.62 
 
 		 834 aa  325  1e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  38.39 
 
 		 624 aa  325  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  34.94 
 
 		 532 aa  325  1e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  37.48 
 
 		 625 aa  324  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  38 
 
 		 622 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  35.89 
 
 		 614 aa  325  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  38.84 
 
 		 535 aa  323  4e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  37.35 
 
 		 629 aa  323  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  38.46 
 
 		 522 aa  322  9.999999999999999e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  35.73 
 
 		 594 aa  322  9.999999999999999e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  34.92 
 
 		 616 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  45.05 
 
 		 473 aa  319  1e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>