More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4406 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  83.86 
 
 
532 aa  915    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  83.49 
 
 
533 aa  900    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  84.43 
 
 
533 aa  924    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  85.77 
 
 
534 aa  923    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  83.49 
 
 
533 aa  901    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  84.99 
 
 
533 aa  928    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  58.66 
 
 
535 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
533 aa  1058    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  59.74 
 
 
856 aa  630  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  56.18 
 
 
535 aa  590  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  56.55 
 
 
856 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  54.98 
 
 
532 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  54.8 
 
 
531 aa  561  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  53.58 
 
 
534 aa  542  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  53.12 
 
 
534 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  52.75 
 
 
534 aa  533  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  52.11 
 
 
533 aa  529  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  51.84 
 
 
532 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  51.84 
 
 
532 aa  520  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  50 
 
 
853 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  47.66 
 
 
531 aa  489  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  48.94 
 
 
556 aa  491  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.42 
 
 
844 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  47.33 
 
 
537 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.91 
 
 
845 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  47.96 
 
 
535 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  45.61 
 
 
532 aa  470  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.72 
 
 
844 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  50.1 
 
 
554 aa  468  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  46.88 
 
 
554 aa  467  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  46.07 
 
 
554 aa  459  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  50 
 
 
849 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  46.54 
 
 
554 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.86 
 
 
848 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.74 
 
 
839 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.32 
 
 
554 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  47.32 
 
 
554 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  43.95 
 
 
525 aa  434  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.63 
 
 
844 aa  431  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.59 
 
 
846 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.57 
 
 
846 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  44.65 
 
 
551 aa  427  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.18 
 
 
834 aa  422  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  43.64 
 
 
530 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
533 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  42.45 
 
 
533 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  45.39 
 
 
632 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  42.29 
 
 
532 aa  395  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 
530 aa  398  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  40.26 
 
 
532 aa  398  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  42.97 
 
 
533 aa  392  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  40.19 
 
 
843 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  42.64 
 
 
524 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.66 
 
 
632 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  44.47 
 
 
632 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  41.86 
 
 
501 aa  380  1e-104  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  45.31 
 
 
625 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  41.79 
 
 
533 aa  382  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  42.15 
 
 
594 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  41.2 
 
 
508 aa  378  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  44.38 
 
 
636 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  40.45 
 
 
505 aa  377  1e-103  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  42.15 
 
 
594 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 
534 aa  377  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  44.09 
 
 
640 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  40.63 
 
 
531 aa  369  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.73 
 
 
858 aa  371  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.61 
 
 
633 aa  365  1e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 
626 aa  362  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  43.09 
 
 
621 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  45.22 
 
 
621 aa  359  7e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  40.57 
 
 
530 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  43.95 
 
 
604 aa  354  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.88 
 
 
532 aa  354  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 
626 aa  353  5e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  41.36 
 
 
533 aa  353  5.9999999999999994e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  40.48 
 
 
533 aa  350  3e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 
629 aa  349  8e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 
629 aa  349  8e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.81 
 
 
532 aa  349  8e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
626 aa  348  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  43.33 
 
 
621 aa  348  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 
614 aa  345  1e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  39.58 
 
 
604 aa  342  1e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  39.27 
 
 
615 aa  341  2e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  39.08 
 
 
615 aa  341  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  41.42 
 
 
609 aa  341  2e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  42.29 
 
 
627 aa  341  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  39.27 
 
 
615 aa  341  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  39.88 
 
 
615 aa  340  5e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  38.58 
 
 
616 aa  338  9.999999999999999e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  40.18 
 
 
623 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  40.66 
 
 
618 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  37.95 
 
 
604 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  45.19 
 
 
614 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  37.95 
 
 
604 aa  337  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  38.09 
 
 
615 aa  337  5e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  38.09 
 
 
615 aa  337  5e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  41.97 
 
 
599 aa  337  5e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  38.09 
 
 
615 aa  337  5e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>