More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2178 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.17 
 
 
981 aa  736    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 
995 aa  2019    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.4 
 
 
995 aa  723    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.58 
 
 
996 aa  702    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  43.58 
 
 
1029 aa  749    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  54.81 
 
 
991 aa  1071    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.14 
 
 
991 aa  704    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.23 
 
 
1055 aa  758    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.85 
 
 
990 aa  750    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  59.76 
 
 
1001 aa  1212    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  41.46 
 
 
622 aa  397  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.74 
 
 
856 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.61 
 
 
856 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.64 
 
 
853 aa  345  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  34.38 
 
 
740 aa  342  2e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.57 
 
 
846 aa  335  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.42 
 
 
845 aa  333  7.000000000000001e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.27 
 
 
844 aa  332  2e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  33.07 
 
 
759 aa  330  7e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.26 
 
 
846 aa  330  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  34.98 
 
 
735 aa  327  9e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  33.03 
 
 
843 aa  325  2e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  34.14 
 
 
849 aa  325  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  28.35 
 
 
989 aa  325  3e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.78 
 
 
849 aa  324  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.83 
 
 
844 aa  323  9.000000000000001e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.95 
 
 
848 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  36.89 
 
 
595 aa  318  3e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  37.93 
 
 
594 aa  318  4e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  37.75 
 
 
638 aa  316  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.29 
 
 
839 aa  312  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.61 
 
 
834 aa  310  8e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  37.61 
 
 
624 aa  310  9e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 
619 aa  307  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  35.41 
 
 
605 aa  307  8.000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  32.15 
 
 
761 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  36.88 
 
 
607 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.82 
 
 
785 aa  298  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.22 
 
 
762 aa  298  4e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.82 
 
 
785 aa  298  4e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  32.35 
 
 
748 aa  295  3e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_002620  TC0733  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.85 
 
 
1400 aa  292  2e-77  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.49 
 
 
844 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.75 
 
 
759 aa  284  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.68 
 
 
750 aa  274  8.000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  34.73 
 
 
793 aa  273  1e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.32 
 
 
756 aa  270  7e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.27 
 
 
858 aa  270  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.97 
 
 
754 aa  261  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.78 
 
 
752 aa  261  5.0000000000000005e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.78 
 
 
754 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.78 
 
 
754 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  48.72 
 
 
531 aa  259  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.29 
 
 
755 aa  259  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  29.88 
 
 
885 aa  258  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.6 
 
 
754 aa  258  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.6 
 
 
754 aa  258  5e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.42 
 
 
754 aa  257  7e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.42 
 
 
754 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.23 
 
 
754 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  49.45 
 
 
530 aa  256  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.23 
 
 
754 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.57 
 
 
750 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  50.91 
 
 
533 aa  249  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  32.05 
 
 
611 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  46.4 
 
 
525 aa  246  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  47.81 
 
 
554 aa  244  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  29.66 
 
 
977 aa  244  6e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.81 
 
 
554 aa  244  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  48.53 
 
 
533 aa  244  7e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  32.26 
 
 
637 aa  243  9e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  46.83 
 
 
554 aa  242  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.15 
 
 
763 aa  242  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  50.76 
 
 
526 aa  241  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  49.62 
 
 
532 aa  241  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  47.76 
 
 
532 aa  241  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  44.96 
 
 
554 aa  241  5.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  46.4 
 
 
554 aa  240  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  29.92 
 
 
734 aa  240  9e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  44.59 
 
 
308 aa  238  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  46.72 
 
 
554 aa  238  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
759 aa  236  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.17 
 
 
759 aa  236  1.0000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  47.46 
 
 
533 aa  237  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  45.99 
 
 
532 aa  235  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  46.35 
 
 
533 aa  234  6e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  47.1 
 
 
534 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  46.24 
 
 
532 aa  232  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  31.31 
 
 
613 aa  233  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  45.99 
 
 
532 aa  233  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  45.71 
 
 
534 aa  231  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  45.59 
 
 
533 aa  231  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  31.48 
 
 
613 aa  231  4e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  45.29 
 
 
533 aa  231  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  45.23 
 
 
556 aa  230  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  42.86 
 
 
532 aa  230  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  48.91 
 
 
524 aa  230  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  45.96 
 
 
533 aa  230  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  46.07 
 
 
530 aa  230  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  42.86 
 
 
532 aa  230  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>