More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2658 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.36 
 
 		 845 aa  729    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.67 
 
 		 849 aa  728    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.91 
 
 		 848 aa  727    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 		 856 aa  1698    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  52.1 
 
 		 858 aa  787    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.07 
 
 		 844 aa  694    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.69 
 
 		 853 aa  741    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  58.57 
 
 		 846 aa  958    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.41 
 
 		 844 aa  720    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  62.5 
 
 		 856 aa  1041    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  57.98 
 
 		 846 aa  937    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.24 
 
 		 844 aa  727    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.63 
 
 		 839 aa  710    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  59.51 
 
 		 535 aa  628  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.32 
 
 		 834 aa  624  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.35 
 
 		 759 aa  615  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  57.12 
 
 		 535 aa  613  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.54 
 
 		 785 aa  609  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.54 
 
 		 785 aa  609  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  56.55 
 
 		 533 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  55.24 
 
 		 532 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  56.37 
 
 		 533 aa  605  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  54.68 
 
 		 533 aa  598  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  55.14 
 
 		 534 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  55.24 
 
 		 533 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  55.43 
 
 		 533 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  38.77 
 
 		 843 aa  579  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  53.6 
 
 		 532 aa  554  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  52.31 
 
 		 531 aa  533  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  51.65 
 
 		 534 aa  530  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  50.46 
 
 		 534 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  49.91 
 
 		 534 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  50.18 
 
 		 533 aa  511  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  48.99 
 
 		 532 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  48.99 
 
 		 532 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  46.99 
 
 		 556 aa  474  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  48.32 
 
 		 535 aa  470  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  45.63 
 
 		 554 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  44.57 
 
 		 532 aa  463  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  46.07 
 
 		 554 aa  465  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  46.48 
 
 		 554 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  46.48 
 
 		 554 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  46.4 
 
 		 537 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  45.39 
 
 		 554 aa  453  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  45.56 
 
 		 531 aa  450  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  44.94 
 
 		 554 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  38.4 
 
 		 759 aa  446  1e-123  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  43.64 
 
 		 551 aa  429  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  38.32 
 
 		 740 aa  424  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  42.51 
 
 		 525 aa  417  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  35.73 
 
 		 735 aa  409  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  36.21 
 
 		 849 aa  407  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  41.37 
 
 		 532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.77 
 
 		 762 aa  403  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.21 
 
 		 995 aa  401  9.999999999999999e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  40.93 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  41.21 
 
 		 532 aa  399  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  37.15 
 
 		 761 aa  396  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  40.73 
 
 		 533 aa  393  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.61 
 
 		 995 aa  390  1e-107  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.16 
 
 		 1055 aa  390  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.05 
 
 		 991 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  40.49 
 
 		 530 aa  389  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  41.43 
 
 		 524 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 533 aa  386  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 		 534 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  40.89 
 
 		 530 aa  379  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  36.39 
 
 		 1029 aa  376  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  40.19 
 
 		 501 aa  374  1e-102  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  41.22 
 
 		 632 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  42.05 
 
 		 625 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  39.82 
 
 		 533 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  41.22 
 
 		 632 aa  372  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  36.52 
 
 		 989 aa  371  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  38.45 
 
 		 531 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.17 
 
 		 996 aa  371  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  40.2 
 
 		 632 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  40.79 
 
 		 594 aa  369  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  40.79 
 
 		 594 aa  369  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  41.84 
 
 		 636 aa  369  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  37.4 
 
 		 1001 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  37 
 
 		 748 aa  364  3e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.55 
 
 		 991 aa  362  1e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.37 
 
 		 530 aa  360  4e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  42.01 
 
 		 640 aa  357  5.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  42.74 
 
 		 621 aa  354  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  38.85 
 
 		 614 aa  354  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.67 
 
 		 981 aa  352  1e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  40.46 
 
 		 599 aa  352  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  40.2 
 
 		 533 aa  352  2e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  40.72 
 
 		 626 aa  351  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.22 
 
 		 532 aa  349  1e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 532 aa  349  1e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  37.71 
 
 		 508 aa  348  2e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 		 505 aa  348  2e-94  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  40.94 
 
 		 609 aa  348  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  38.88 
 
 		 533 aa  348  3e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  38.97 
 
 		 626 aa  347  4e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.49 
 
 		 750 aa  347  5e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.74 
 
 		 750 aa  345  2e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>