More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_08751 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.43 
 
 
981 aa  734    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  43.41 
 
 
1029 aa  753    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.91 
 
 
996 aa  741    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  59.76 
 
 
995 aa  1203    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.87 
 
 
991 aa  698    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  100 
 
 
1001 aa  2008    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.79 
 
 
1055 aa  758    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.77 
 
 
990 aa  761    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.38 
 
 
995 aa  697    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  55.02 
 
 
991 aa  1062    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  43.91 
 
 
622 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.59 
 
 
856 aa  352  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  39.15 
 
 
594 aa  340  7e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  37.57 
 
 
605 aa  336  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.4 
 
 
856 aa  333  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  36.06 
 
 
843 aa  329  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  38.03 
 
 
638 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  28.77 
 
 
989 aa  329  2.0000000000000001e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.94 
 
 
853 aa  328  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  34.16 
 
 
849 aa  326  2e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  33.99 
 
 
735 aa  325  3e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  33.28 
 
 
759 aa  322  1.9999999999999998e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  36.17 
 
 
595 aa  320  7e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  37.06 
 
 
624 aa  313  1e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  32.52 
 
 
761 aa  310  1.0000000000000001e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  34.67 
 
 
619 aa  309  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  33.89 
 
 
607 aa  304  6.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.57 
 
 
846 aa  303  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.78 
 
 
846 aa  303  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  34.45 
 
 
740 aa  298  3e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_002620  TC0733  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.9 
 
 
1400 aa  298  4e-79  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.59 
 
 
845 aa  298  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  32.23 
 
 
748 aa  297  6e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.17 
 
 
785 aa  296  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.17 
 
 
785 aa  296  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.87 
 
 
762 aa  295  3e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.43 
 
 
844 aa  295  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.22 
 
 
844 aa  292  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.27 
 
 
848 aa  289  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.89 
 
 
849 aa  289  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.28 
 
 
759 aa  288  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  33.75 
 
 
793 aa  285  2.0000000000000002e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.13 
 
 
834 aa  285  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.28 
 
 
750 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.3 
 
 
839 aa  276  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.48 
 
 
750 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.74 
 
 
858 aa  270  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.28 
 
 
756 aa  266  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.36 
 
 
752 aa  262  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  49.63 
 
 
531 aa  261  5.0000000000000005e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.29 
 
 
755 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.11 
 
 
754 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.13 
 
 
844 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.93 
 
 
754 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.93 
 
 
754 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.93 
 
 
754 aa  256  2.0000000000000002e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.05 
 
 
754 aa  254  7e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.56 
 
 
754 aa  253  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.38 
 
 
754 aa  252  3e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.38 
 
 
754 aa  252  3e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  47.89 
 
 
530 aa  252  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  52.24 
 
 
533 aa  252  3e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.38 
 
 
754 aa  251  6e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  50.55 
 
 
532 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  30 
 
 
734 aa  250  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  50.37 
 
 
554 aa  248  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  46.83 
 
 
532 aa  247  6.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  43.31 
 
 
308 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  48.71 
 
 
526 aa  244  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  49.26 
 
 
554 aa  243  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  28.85 
 
 
885 aa  242  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  50.56 
 
 
533 aa  241  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.62 
 
 
763 aa  239  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  48.69 
 
 
530 aa  239  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  30.54 
 
 
637 aa  238  4e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.33 
 
 
759 aa  238  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.33 
 
 
759 aa  238  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  48.31 
 
 
533 aa  237  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  46.89 
 
 
525 aa  234  5e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  47.21 
 
 
532 aa  234  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  47.04 
 
 
554 aa  234  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.04 
 
 
554 aa  234  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  47.21 
 
 
532 aa  234  9e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  47.57 
 
 
533 aa  233  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  32.55 
 
 
534 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  45.79 
 
 
554 aa  233  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.37 
 
 
911 aa  231  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  47.97 
 
 
556 aa  229  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 
534 aa  228  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  51.69 
 
 
524 aa  228  4e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  45.56 
 
 
554 aa  228  4e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  47.57 
 
 
533 aa  227  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  49.26 
 
 
535 aa  225  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  45.39 
 
 
526 aa  224  4.9999999999999996e-57  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  45.42 
 
 
530 aa  224  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  45.19 
 
 
531 aa  224  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  46.24 
 
 
533 aa  224  7e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  44.19 
 
 
503 aa  224  9e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0027  preprotein translocase subunit SecF  38.87 
 
 
310 aa  222  3e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  46.82 
 
 
533 aa  221  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>