More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1416 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  64.5 
 
 		 554 aa  735    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  65.59 
 
 		 554 aa  734    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  65.59 
 
 		 554 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  63.54 
 
 		 556 aa  711    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  63.83 
 
 		 554 aa  722    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  65.22 
 
 		 554 aa  736    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 554 aa  1104    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  48.58 
 
 		 535 aa  486  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  48.22 
 
 		 534 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  46.9 
 
 		 535 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  47.86 
 
 		 533 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  46.61 
 
 		 533 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  46.22 
 
 		 532 aa  463  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  46.07 
 
 		 533 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  47.04 
 
 		 533 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  47.4 
 
 		 533 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.04 
 
 		 856 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  43.99 
 
 		 532 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.39 
 
 		 856 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  43.83 
 
 		 531 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.57 
 
 		 849 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  45.81 
 
 		 534 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.03 
 
 		 848 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  47.48 
 
 		 534 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  44.4 
 
 		 533 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  46.81 
 
 		 534 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  43.79 
 
 		 532 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.55 
 
 		 853 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  43.79 
 
 		 532 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.64 
 
 		 844 aa  395  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  41.04 
 
 		 531 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  41.12 
 
 		 551 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  41.83 
 
 		 532 aa  392  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  41.67 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.26 
 
 		 839 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.17 
 
 		 845 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.98 
 
 		 844 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 535 aa  372  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  37.85 
 
 		 501 aa  353  5.9999999999999994e-96  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  37.54 
 
 		 533 aa  351  2e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  36.69 
 
 		 843 aa  346  7e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 		 533 aa  345  8.999999999999999e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.39 
 
 		 834 aa  345  1e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  38.72 
 
 		 508 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.22 
 
 		 844 aa  343  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  38.12 
 
 		 505 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  37.46 
 
 		 525 aa  338  1.9999999999999998e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  37.17 
 
 		 594 aa  337  3.9999999999999995e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  37.17 
 
 		 594 aa  337  3.9999999999999995e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  37.61 
 
 		 533 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.04 
 
 		 846 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  38.82 
 
 		 532 aa  334  2e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.61 
 
 		 530 aa  334  2e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.21 
 
 		 846 aa  333  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  38.82 
 
 		 533 aa  333  5e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  38.61 
 
 		 532 aa  332  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  39.57 
 
 		 529 aa  331  2e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 521 aa  326  8.000000000000001e-88  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  40.37 
 
 		 526 aa  322  9.999999999999999e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  38.02 
 
 		 526 aa  321  1.9999999999999998e-86  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  38.79 
 
 		 522 aa  322  1.9999999999999998e-86  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.88 
 
 		 532 aa  319  7e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  39.92 
 
 		 521 aa  319  7.999999999999999e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  40.16 
 
 		 531 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 		 526 aa  316  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0627  protein-export membrane protein SecD  38.15 
 
 		 502 aa  316  7e-85  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.57035  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  41.8 
 
 		 524 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.56 
 
 		 530 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  38.39 
 
 		 530 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  38.89 
 
 		 510 aa  313  3.9999999999999997e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  35.18 
 
 		 632 aa  313  6.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  36.12 
 
 		 534 aa  312  9e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  35.02 
 
 		 632 aa  311  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  38.78 
 
 		 533 aa  309  9e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  36.4 
 
 		 533 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  37.45 
 
 		 614 aa  307  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  37.92 
 
 		 532 aa  307  3e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  38.05 
 
 		 632 aa  307  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  34.68 
 
 		 615 aa  306  7e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  33.12 
 
 		 622 aa  297  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  40.27 
 
 		 399 aa  296  7e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  36.51 
 
 		 512 aa  294  3e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  36.29 
 
 		 621 aa  293  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  44.36 
 
 		 473 aa  292  1e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  36.83 
 
 		 535 aa  291  2e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  31.56 
 
 		 616 aa  290  3e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  33.23 
 
 		 624 aa  291  3e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  37.17 
 
 		 625 aa  290  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  38.65 
 
 		 636 aa  290  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  38.33 
 
 		 618 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  33.98 
 
 		 615 aa  290  5.0000000000000004e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  33.98 
 
 		 615 aa  290  5.0000000000000004e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  34.13 
 
 		 615 aa  289  9e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  37.18 
 
 		 681 aa  289  9e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  35.18 
 
 		 640 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 615 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 615 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 615 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  36.6 
 
 		 616 aa  287  2.9999999999999996e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  38.39 
 
 		 599 aa  288  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>