More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0541 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 532 aa  1067    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  68.8 
 
 		 530 aa  754    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  66.73 
 
 		 526 aa  686    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  79.51 
 
 		 532 aa  856    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  61.58 
 
 		 531 aa  647    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  62.31 
 
 		 533 aa  649    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  50.48 
 
 		 533 aa  486  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  45.93 
 
 		 533 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  50.48 
 
 		 524 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  47.3 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  44.8 
 
 		 532 aa  456  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  44.01 
 
 		 532 aa  450  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  44.36 
 
 		 533 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  44.03 
 
 		 530 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  44.32 
 
 		 530 aa  438  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  44.73 
 
 		 533 aa  435  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  43.8 
 
 		 525 aa  424  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  42.32 
 
 		 534 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  42.53 
 
 		 535 aa  382  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  43.89 
 
 		 521 aa  380  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  45.93 
 
 		 625 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  44.2 
 
 		 594 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.5 
 
 		 856 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 		 632 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  44.2 
 
 		 594 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  43.3 
 
 		 510 aa  372  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  44.88 
 
 		 632 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.67 
 
 		 632 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  42.97 
 
 		 529 aa  375  1e-102  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  41.87 
 
 		 533 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  46.32 
 
 		 604 aa  368  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  41.57 
 
 		 532 aa  368  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  40.37 
 
 		 531 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  45.08 
 
 		 626 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  44.65 
 
 		 614 aa  364  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  44.88 
 
 		 640 aa  363  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.02 
 
 		 853 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  41.9 
 
 		 526 aa  360  4e-98  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  39.92 
 
 		 533 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  39.96 
 
 		 532 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  42.74 
 
 		 633 aa  356  6.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  40.04 
 
 		 534 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  42.31 
 
 		 636 aa  355  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  44.72 
 
 		 621 aa  355  2e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  40.49 
 
 		 533 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  39.69 
 
 		 522 aa  352  1e-95  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  40.15 
 
 		 537 aa  350  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  39.73 
 
 		 614 aa  350  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  40.49 
 
 		 533 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 		 526 aa  349  7e-95  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  39.81 
 
 		 533 aa  349  8e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  39.25 
 
 		 512 aa  348  1e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  40.41 
 
 		 535 aa  347  4e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 		 535 aa  345  1e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  37.52 
 
 		 554 aa  344  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 		 554 aa  343  5e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  39.47 
 
 		 521 aa  342  9e-93  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  42.04 
 
 		 609 aa  342  9e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  41.8 
 
 		 627 aa  342  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  40.4 
 
 		 554 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  40.4 
 
 		 554 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  42.55 
 
 		 622 aa  341  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  39.59 
 
 		 531 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 554 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.56 
 
 		 839 aa  338  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  39.69 
 
 		 616 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  37.63 
 
 		 551 aa  337  2.9999999999999997e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  40.31 
 
 		 616 aa  337  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  40.89 
 
 		 620 aa  336  7e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.62 
 
 		 849 aa  336  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40 
 
 		 856 aa  335  9e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  41.29 
 
 		 616 aa  335  9e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  38.31 
 
 		 604 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  41.29 
 
 		 616 aa  335  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  38.31 
 
 		 615 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  38.31 
 
 		 615 aa  334  2e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  44.38 
 
 		 625 aa  334  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  38.4 
 
 		 532 aa  334  2e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  41.53 
 
 		 626 aa  334  3e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  41.49 
 
 		 616 aa  333  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.21 
 
 		 848 aa  333  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  40.87 
 
 		 526 aa  333  7.000000000000001e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  40.57 
 
 		 526 aa  332  1e-89  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  40.7 
 
 		 629 aa  332  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  39.13 
 
 		 595 aa  332  1e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  40.71 
 
 		 616 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 		 526 aa  332  1e-89  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  39.8 
 
 		 618 aa  331  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  41.28 
 
 		 616 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  40.66 
 
 		 616 aa  331  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  41.28 
 
 		 616 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  41.28 
 
 		 616 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  41.1 
 
 		 616 aa  331  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  41.53 
 
 		 629 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  40.28 
 
 		 618 aa  331  3e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  41.03 
 
 		 621 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  43.35 
 
 		 624 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  41.15 
 
 		 626 aa  330  3e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  40.51 
 
 		 616 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.83 
 
 		 834 aa  329  8e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>