More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6059 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  62.84 
 
 		 845 aa  1027    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  44.22 
 
 		 843 aa  673    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  55.94 
 
 		 834 aa  901    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  62.6 
 
 		 844 aa  1019    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  60.24 
 
 		 844 aa  961    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 		 839 aa  1650    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  71.03 
 
 		 848 aa  1178    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  51.32 
 
 		 853 aa  796    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  62.84 
 
 		 844 aa  1020    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  71.22 
 
 		 849 aa  1189    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.63 
 
 		 856 aa  694    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.82 
 
 		 856 aa  716    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.33 
 
 		 846 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.2 
 
 		 846 aa  568  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.76 
 
 		 858 aa  485  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  49.81 
 
 		 535 aa  482  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  48.46 
 
 		 532 aa  472  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  47.91 
 
 		 533 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  48.47 
 
 		 535 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  48.74 
 
 		 533 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  48.72 
 
 		 534 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  48.54 
 
 		 533 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  48.55 
 
 		 533 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.52 
 
 		 759 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  48.74 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  46.8 
 
 		 532 aa  452  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  45.23 
 
 		 531 aa  449  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.38 
 
 		 785 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.38 
 
 		 785 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  48.51 
 
 		 534 aa  449  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  48.02 
 
 		 534 aa  446  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  47.77 
 
 		 534 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  45.52 
 
 		 554 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  47.41 
 
 		 556 aa  426  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  47.39 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  47.16 
 
 		 532 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  47.16 
 
 		 532 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  45.8 
 
 		 554 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  47.41 
 
 		 554 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 		 530 aa  405  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  44.74 
 
 		 537 aa  406  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  43.68 
 
 		 533 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  43.97 
 
 		 530 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.41 
 
 		 554 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  44.8 
 
 		 533 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  46.26 
 
 		 554 aa  402  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  47.41 
 
 		 554 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  43.73 
 
 		 531 aa  397  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.62 
 
 		 762 aa  394  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  42.54 
 
 		 532 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 		 532 aa  392  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  43.51 
 
 		 535 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  42.42 
 
 		 532 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  42.07 
 
 		 525 aa  384  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 533 aa  379  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  34.63 
 
 		 735 aa  379  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  42.36 
 
 		 551 aa  376  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  35.24 
 
 		 759 aa  372  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  34.95 
 
 		 849 aa  366  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  40.33 
 
 		 534 aa  365  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.3 
 
 		 625 aa  363  6e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  35.06 
 
 		 761 aa  363  9e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  42.94 
 
 		 533 aa  362  2e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  35.32 
 
 		 740 aa  362  2e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  39.77 
 
 		 505 aa  361  4e-98  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  36.04 
 
 		 748 aa  358  2.9999999999999997e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.8 
 
 		 995 aa  357  3.9999999999999996e-97  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  40.2 
 
 		 501 aa  357  5.999999999999999e-97  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  39.46 
 
 		 508 aa  355  1e-96  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  42.14 
 
 		 632 aa  355  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  42.35 
 
 		 532 aa  355  2e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 		 530 aa  355  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 632 aa  354  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 632 aa  353  8.999999999999999e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  43.64 
 
 		 533 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  43.1 
 
 		 526 aa  348  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  41.5 
 
 		 524 aa  348  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  41.27 
 
 		 594 aa  346  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  41.27 
 
 		 594 aa  346  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  41.39 
 
 		 604 aa  346  1e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  43.95 
 
 		 614 aa  344  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  42.59 
 
 		 626 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 		 621 aa  342  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  41.38 
 
 		 621 aa  342  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  41.29 
 
 		 640 aa  341  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  41.89 
 
 		 532 aa  340  5e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  41.71 
 
 		 533 aa  340  8e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  41.72 
 
 		 629 aa  339  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  42.4 
 
 		 531 aa  337  5e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  35.04 
 
 		 989 aa  336  9e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 629 aa  336  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  41.51 
 
 		 609 aa  335  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  41.28 
 
 		 636 aa  333  9e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  42.88 
 
 		 626 aa  332  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.54 
 
 		 756 aa  331  4e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.55 
 
 		 1055 aa  328  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  38.24 
 
 		 614 aa  327  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0627  protein-export membrane protein SecD  39.87 
 
 		 502 aa  325  3e-87  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.57035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  41.98 
 
 		 621 aa  323  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.61 
 
 		 755 aa  323  9.000000000000001e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>