More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0012 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  77.02 
 
 
605 aa  947    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  62.12 
 
 
595 aa  736    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  59.71 
 
 
638 aa  737    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  62.32 
 
 
624 aa  784    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
594 aa  1193    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  62.44 
 
 
607 aa  781    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  63.33 
 
 
619 aa  793    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  48.87 
 
 
622 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.63 
 
 
995 aa  368  1e-100  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.09 
 
 
990 aa  369  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  35.62 
 
 
1029 aa  352  8e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.23 
 
 
996 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  39.15 
 
 
1001 aa  340  4e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  40.51 
 
 
524 aa  331  3e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.99 
 
 
991 aa  331  3e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.25 
 
 
981 aa  325  2e-87  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  38.04 
 
 
533 aa  320  6e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  36.75 
 
 
613 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  38.08 
 
 
532 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.93 
 
 
995 aa  318  2e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  36.59 
 
 
613 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  40.36 
 
 
533 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  36.14 
 
 
613 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 
533 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 
531 aa  313  6.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  36.12 
 
 
611 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  40 
 
 
473 aa  306  9.000000000000001e-82  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 
534 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  35.24 
 
 
526 aa  303  9e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  37.41 
 
 
526 aa  300  7e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  34.11 
 
 
503 aa  291  2e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  34.43 
 
 
521 aa  289  1e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  35.22 
 
 
510 aa  288  2e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  37.86 
 
 
525 aa  288  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  34.49 
 
 
637 aa  287  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  34.89 
 
 
533 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  33.45 
 
 
535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  35.54 
 
 
530 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.55 
 
 
991 aa  283  5.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  35.16 
 
 
533 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  34.81 
 
 
535 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  36.29 
 
 
533 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  35.78 
 
 
529 aa  280  5e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  35.06 
 
 
512 aa  277  4e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  33.73 
 
 
533 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  36.3 
 
 
526 aa  275  1.0000000000000001e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  37 
 
 
532 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  35.44 
 
 
599 aa  273  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  34.69 
 
 
526 aa  271  2e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  35.26 
 
 
623 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.64 
 
 
844 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  47.52 
 
 
533 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  34.13 
 
 
632 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  45.36 
 
 
533 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  34.7 
 
 
526 aa  270  4e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  34.2 
 
 
632 aa  270  8e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  34.88 
 
 
526 aa  269  1e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  37.11 
 
 
616 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  37.06 
 
 
616 aa  269  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  34.7 
 
 
621 aa  269  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  35.39 
 
 
521 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.15 
 
 
856 aa  266  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  34.4 
 
 
615 aa  266  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  47.32 
 
 
532 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  37.11 
 
 
616 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  36.85 
 
 
616 aa  265  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  51.1 
 
 
530 aa  266  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  31.88 
 
 
622 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  34.35 
 
 
604 aa  265  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  31.88 
 
 
622 aa  265  2e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  35.36 
 
 
556 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  34.63 
 
 
554 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  34.82 
 
 
615 aa  265  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  33.99 
 
 
604 aa  263  8.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  34.77 
 
 
530 aa  262  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  36.36 
 
 
533 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  35.63 
 
 
533 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  35.5 
 
 
532 aa  258  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  50.94 
 
 
532 aa  257  4e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  35.23 
 
 
616 aa  257  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  35.96 
 
 
554 aa  257  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
615 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
615 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
615 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
615 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 
615 aa  256  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  33.64 
 
 
632 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.25 
 
 
856 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  34.7 
 
 
625 aa  254  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  34.76 
 
 
618 aa  253  8.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  37.04 
 
 
616 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  41.19 
 
 
457 aa  252  1e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  34.57 
 
 
607 aa  252  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  33.64 
 
 
636 aa  252  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  46.1 
 
 
534 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  34.4 
 
 
554 aa  251  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  33.51 
 
 
522 aa  249  9e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  32.59 
 
 
607 aa  249  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0681  preprotein translocase subunit SecD  35.51 
 
 
587 aa  248  2e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  33.57 
 
 
604 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>