More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0011 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 605 aa  1206    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  77.02 
 
 		 594 aa  947    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  60.83 
 
 		 595 aa  733    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  59.24 
 
 		 638 aa  749    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  62 
 
 		 624 aa  778    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  64.09 
 
 		 607 aa  790    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  63.77 
 
 		 619 aa  804    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  48.88 
 
 		 622 aa  527  1e-148  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.44 
 
 		 990 aa  379  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.86 
 
 		 995 aa  374  1e-102  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  38.84 
 
 		 1029 aa  356  5.999999999999999e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.39 
 
 		 996 aa  341  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  37.57 
 
 		 1001 aa  336  7.999999999999999e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.18 
 
 		 991 aa  333  4e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  37.01 
 
 		 533 aa  332  1e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  36.16 
 
 		 613 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  37.3 
 
 		 533 aa  321  3e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  36.16 
 
 		 613 aa  321  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.04 
 
 		 981 aa  320  5e-86  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  36.16 
 
 		 613 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  36.38 
 
 		 611 aa  317  5e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  37.3 
 
 		 533 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  38.06 
 
 		 533 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.41 
 
 		 995 aa  308  2.0000000000000002e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.5 
 
 		 991 aa  307  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  36.69 
 
 		 532 aa  306  6e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  36.35 
 
 		 637 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  38.12 
 
 		 473 aa  296  6e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.5 
 
 		 1055 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 		 526 aa  288  2e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  34.95 
 
 		 526 aa  287  4e-76  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  35.05 
 
 		 521 aa  281  2e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  47.35 
 
 		 530 aa  280  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  50.81 
 
 		 525 aa  279  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  33.21 
 
 		 512 aa  277  3e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  32.3 
 
 		 503 aa  274  3e-72  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  47.02 
 
 		 532 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  34.9 
 
 		 529 aa  272  1e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  35.02 
 
 		 533 aa  271  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  34.18 
 
 		 521 aa  270  5e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  49.82 
 
 		 531 aa  270  5e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  32.85 
 
 		 532 aa  269  8e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  48.1 
 
 		 524 aa  270  8e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  50 
 
 		 530 aa  269  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  46.69 
 
 		 534 aa  267  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  36.07 
 
 		 532 aa  267  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  35.35 
 
 		 533 aa  267  5e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  49.18 
 
 		 533 aa  263  6e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  34.46 
 
 		 533 aa  263  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  34.2 
 
 		 616 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  33.55 
 
 		 616 aa  261  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  33.55 
 
 		 616 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  34.4 
 
 		 533 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  34.01 
 
 		 530 aa  259  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  32.85 
 
 		 526 aa  257  4e-67  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  33.91 
 
 		 533 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  46.34 
 
 		 594 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  46.34 
 
 		 594 aa  254  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  32.29 
 
 		 554 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  34.32 
 
 		 622 aa  253  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  48.76 
 
 		 532 aa  253  9.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  46.1 
 
 		 534 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  35.65 
 
 		 740 aa  251  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  48.01 
 
 		 510 aa  251  3e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  33.81 
 
 		 616 aa  250  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  34.46 
 
 		 616 aa  249  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  34.46 
 
 		 616 aa  249  8e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  34.46 
 
 		 616 aa  249  8e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  33.87 
 
 		 616 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  40 
 
 		 457 aa  247  6e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  33.57 
 
 		 610 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  33.61 
 
 		 616 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  47.62 
 
 		 843 aa  246  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0681  preprotein translocase subunit SecD  31.43 
 
 		 587 aa  246  9.999999999999999e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 604 aa  246  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  34.13 
 
 		 554 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  46.43 
 
 		 533 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  48.89 
 
 		 526 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  32.89 
 
 		 554 aa  240  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  42.49 
 
 		 522 aa  239  8e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  35.21 
 
 		 470 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  48.31 
 
 		 535 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  35.21 
 
 		 470 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  36.56 
 
 		 495 aa  238  2e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  30.96 
 
 		 614 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  45.93 
 
 		 554 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  45.93 
 
 		 554 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  44.96 
 
 		 413 aa  237  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  34.98 
 
 		 471 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  43.1 
 
 		 535 aa  234  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  48.37 
 
 		 508 aa  233  7.000000000000001e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  44.04 
 
 		 399 aa  232  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  44.77 
 
 		 556 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.18 
 
 		 839 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  39.8 
 
 		 535 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  36.06 
 
 		 495 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  36.38 
 
 		 487 aa  231  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.42 
 
 		 625 aa  229  7e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  44.06 
 
 		 406 aa  230  7e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  43.12 
 
 		 410 aa  229  9e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>