More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0879 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 302 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  99.01 
 
 		 302 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  95.7 
 
 		 302 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  95.36 
 
 		 302 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  85.76 
 
 		 303 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  85.76 
 
 		 303 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  84.82 
 
 		 304 aa  497  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1293  preprotein translocase subunit SecF  78.67 
 
 		 306 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14650  preprotein translocase subunit SecF  78.33 
 
 		 306 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40450  preprotein translocase subunit SecF  73.51 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3517  preprotein translocase subunit SecF  67.55 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.943932  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  52.29 
 
 		 313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  51.31 
 
 		 315 aa  304  1.0000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  51.31 
 
 		 313 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  50.82 
 
 		 304 aa  302  5.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  50.33 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1408  protein translocase subunit secF  51.12 
 
 		 317 aa  289  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  47.56 
 
 		 315 aa  288  7e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  49.67 
 
 		 302 aa  288  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  51.64 
 
 		 315 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  52.16 
 
 		 313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  46.75 
 
 		 315 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  48.36 
 
 		 322 aa  285  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  50.34 
 
 		 314 aa  282  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  48.68 
 
 		 338 aa  280  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  48.7 
 
 		 315 aa  279  5e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  48.38 
 
 		 315 aa  276  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  47.21 
 
 		 315 aa  275  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  46.71 
 
 		 311 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  46.2 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0684  preprotein translocase subunit SecF  46.38 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.738953  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  47.21 
 
 		 323 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  45.57 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  46.56 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  46.56 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  46.56 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  46.56 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  47.92 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  46.56 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  47.18 
 
 		 315 aa  269  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  48.21 
 
 		 315 aa  269  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00361  hypothetical protein  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.662274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  45.9 
 
 		 323 aa  268  8e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  48.06 
 
 		 315 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3261  preprotein translocase subunit SecF  47.7 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.578435  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3381  preprotein translocase subunit SecF  47.7 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144101  normal  0.396634 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3120  preprotein translocase subunit SecF  47.7 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0405125  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  46.67 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  46.67 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  48.3 
 
 		 316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  48.05 
 
 		 315 aa  265  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  48.05 
 
 		 315 aa  265  7e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  47.42 
 
 		 315 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  47.42 
 
 		 315 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  47.42 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  47.73 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 		 310 aa  262  6e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  46.2 
 
 		 314 aa  261  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3410  preprotein translocase subunit SecF  45.15 
 
 		 310 aa  261  6.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470733  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  43.3 
 
 		 337 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  43.3 
 
 		 316 aa  259  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  46.75 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  49.08 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  47.46 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  48.93 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3288  preprotein translocase subunit SecF  47.7 
 
 		 322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  46.84 
 
 		 315 aa  258  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0600  protein-export membrane protein SecF  43.84 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1312  preprotein translocase subunit SecF  45.7 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.187294  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  47.8 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1022  preprotein translocase subunit SecF  47.04 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  44.12 
 
 		 316 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  44.12 
 
 		 316 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  44.12 
 
 		 316 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  44.12 
 
 		 316 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2903  preprotein translocase subunit SecF  47.1 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  42.72 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 316 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  44.12 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  42.62 
 
 		 324 aa  252  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 313 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 313 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 313 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  43.79 
 
 		 313 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  43.61 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1509  preprotein translocase subunit SecF  42.67 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.444089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  42.57 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  42.95 
 
 		 316 aa  248  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>