More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3813 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 147 aa  291  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 143 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 143 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  37.14 
 
 		 160 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  39.26 
 
 		 151 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 148 aa  86.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 151 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  35.78 
 
 		 149 aa  86.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 158 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 		 149 aa  84.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 145 aa  84  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 149 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 154 aa  83.6  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  30.53 
 
 		 164 aa  80.9  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 164 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 168 aa  80.1  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 152 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 151 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 149 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 152 aa  74.7  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 149 aa  72  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  33.63 
 
 		 171 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 173 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  29.06 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  33.33 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 163 aa  67.8  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 161 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 152 aa  67  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  31.29 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  32.76 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  31.62 
 
 		 150 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 168 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  29.17 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  30.09 
 
 		 137 aa  60.1  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  31.03 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 304 aa  58.2  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4635  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472747  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 209 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 167 aa  57  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1966  transcriptional regulator, MarR family  30.37 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000123545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 199 aa  54.3  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  31.48 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 157 aa  53.9  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  28.78 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1609  transcriptional regulator, MarR family  26.04 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  29.51 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4010  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 168 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  33.33 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  28.18 
 
 		 174 aa  52  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 172 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0363  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 156 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  29.09 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0576  transcriptional regulator, TrmB  32.73 
 
 		 158 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0950259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 179 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 156 aa  51.6  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3781  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 164 aa  52  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 176 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 159 aa  51.6  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0741  transcriptional regulator, MarR family  33.1 
 
 		 162 aa  51.2  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.476836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  30.99 
 
 		 170 aa  51.6  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3937  putative transcriptional regulator  25.47 
 
 		 153 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>