267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6273 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  53.46 
 
 		 757 aa  838    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 736 aa  1520    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  61.77 
 
 		 734 aa  928    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  49.14 
 
 		 760 aa  712    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  44.84 
 
 		 748 aa  625  1e-177  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  48.68 
 
 		 750 aa  617  1e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  33.73 
 
 		 676 aa  357  5e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  32.67 
 
 		 712 aa  333  9e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  33.54 
 
 		 722 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  32.3 
 
 		 672 aa  324  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  31.98 
 
 		 723 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  31.18 
 
 		 699 aa  323  7e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  31.78 
 
 		 740 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  31.72 
 
 		 718 aa  318  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 689 aa  317  4e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  29.38 
 
 		 765 aa  316  9e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 678 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  32.77 
 
 		 689 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  30.26 
 
 		 692 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 692 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 705 aa  293  9e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  30.6 
 
 		 765 aa  293  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  30.28 
 
 		 686 aa  280  9e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 717 aa  255  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 678 aa  233  7.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  24.84 
 
 		 733 aa  146  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  27.88 
 
 		 704 aa  142  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  27.88 
 
 		 704 aa  142  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  26.13 
 
 		 716 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  26.29 
 
 		 692 aa  97.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 687 aa  91.3  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 681 aa  83.2  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 686 aa  72.4  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7234  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 1119 aa  70.1  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.507309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 687 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 678 aa  67.4  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  22.86 
 
 		 693 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  21.75 
 
 		 700 aa  64.3  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.86 
 
 		 1023 aa  61.6  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3384  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 1166 aa  60.8  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.880161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  20.75 
 
 		 693 aa  60.1  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 		 704 aa  60.1  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06835  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  26.78 
 
 		 914 aa  59.3  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 634 aa  59.7  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 757 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 682 aa  59.3  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 695 aa  59.3  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 616 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4609  TonB-dependent receptor plug  26.21 
 
 		 1089 aa  58.5  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0115858  normal  0.547396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  21.12 
 
 		 688 aa  56.6  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  26.38 
 
 		 634 aa  57  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  33.93 
 
 		 628 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  23.14 
 
 		 762 aa  56.6  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.36 
 
 		 616 aa  57  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 692 aa  56.6  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3596  TonB-dependent receptor plug  26.07 
 
 		 1059 aa  56.6  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 671 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.05 
 
 		 616 aa  56.2  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 642 aa  55.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  30.14 
 
 		 640 aa  55.8  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  26.58 
 
 		 673 aa  55.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.28 
 
 		 701 aa  55.8  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  21.89 
 
 		 709 aa  55.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.47 
 
 		 614 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  20.48 
 
 		 721 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  20.48 
 
 		 721 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 817 aa  55.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  28.3 
 
 		 619 aa  54.7  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 627 aa  54.7  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  22.87 
 
 		 662 aa  54.7  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  27.81 
 
 		 638 aa  54.3  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  24.21 
 
 		 613 aa  54.7  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2729  TonB-dependent receptor plug  30.04 
 
 		 999 aa  54.7  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0287081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 683 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 614 aa  54.3  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 614 aa  54.3  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  26.79 
 
 		 628 aa  54.3  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 614 aa  54.3  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 614 aa  53.9  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  21.88 
 
 		 683 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 		 714 aa  53.5  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 614 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.6 
 
 		 631 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 690 aa  53.5  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5486  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 		 1147 aa  52.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.370163  normal  0.067232 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.6 
 
 		 631 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4225  TonB-dependent siderophore receptor  22.66 
 
 		 689 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 654 aa  52.8  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  25.9 
 
 		 655 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  29.68 
 
 		 668 aa  52.8  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  25.58 
 
 		 597 aa  53.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.47 
 
 		 614 aa  52.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_002950  PG0534  hypothetical protein  23.45 
 
 		 827 aa  52.4  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.993491 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 670 aa  52.4  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  22.85 
 
 		 720 aa  52.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1744  TonB-dependent receptor plug  27.73 
 
 		 1092 aa  52.4  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.196303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  24.84 
 
 		 656 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.88 
 
 		 614 aa  52  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  20.55 
 
 		 809 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.59 
 
 		 617 aa  52  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>