More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0770 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  46.19 
 
 		 1183 aa  654    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1126 aa  750    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1122 aa  716    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  42.02 
 
 		 1112 aa  781    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  65.85 
 
 		 1103 aa  1489    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1176 aa  647    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1113 aa  728    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1109 aa  739    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1126 aa  754    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1115 aa  755    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  62.52 
 
 		 1109 aa  1380    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  63.33 
 
 		 1099 aa  1427    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  58.7 
 
 		 1107 aa  1289    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  41.82 
 
 		 1126 aa  726    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1121 aa  749    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  60.02 
 
 		 1120 aa  1344    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1059 aa  644    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  36.05 
 
 		 1177 aa  643    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1182 aa  652    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  38.48 
 
 		 1122 aa  742    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1103 aa  665    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1176 aa  655    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1176 aa  657    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1116 aa  2279    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  40.15 
 
 		 1123 aa  728    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  68.7 
 
 		 1127 aa  1530    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  41.21 
 
 		 1177 aa  634  1e-180  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1178 aa  633  1e-180  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  43.31 
 
 		 1176 aa  635  1e-180  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1176 aa  632  1e-180  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  47.05 
 
 		 1170 aa  630  1e-179  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  39.82 
 
 		 1112 aa  630  1e-179  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  42.04 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  42.44 
 
 		 1162 aa  624  1e-177  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  40.75 
 
 		 1165 aa  622  1e-176  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  44.7 
 
 		 1196 aa  619  1e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  47.06 
 
 		 1155 aa  614  9.999999999999999e-175  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  46.08 
 
 		 1182 aa  614  9.999999999999999e-175  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  43.43 
 
 		 1179 aa  615  9.999999999999999e-175  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  44.38 
 
 		 1162 aa  614  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  44.15 
 
 		 1162 aa  612  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  36.6 
 
 		 1073 aa  615  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  46.18 
 
 		 1183 aa  609  1e-173  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  43.61 
 
 		 1179 aa  608  9.999999999999999e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  45.14 
 
 		 1197 aa  609  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.7 
 
 		 1169 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  43.9 
 
 		 1179 aa  608  9.999999999999999e-173  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1150 aa  605  1.0000000000000001e-171  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  47.03 
 
 		 1197 aa  604  1.0000000000000001e-171  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  40.47 
 
 		 1169 aa  600  1e-170  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  47.29 
 
 		 1158 aa  601  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  45.96 
 
 		 1176 aa  601  1e-170  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1155 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  44.37 
 
 		 1164 aa  601  1e-170  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  46.05 
 
 		 1123 aa  601  1e-170  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1153 aa  598  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  37.58 
 
 		 1153 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  40.91 
 
 		 1168 aa  599  1e-169  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  43.81 
 
 		 1165 aa  596  1e-169  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.75 
 
 		 1154 aa  596  1e-169  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  44.74 
 
 		 1165 aa  597  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  44.29 
 
 		 1246 aa  595  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.38 
 
 		 1265 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  43.63 
 
 		 1189 aa  594  1e-168  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  36.03 
 
 		 1207 aa  591  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  44.07 
 
 		 1210 aa  591  1e-167  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  47.54 
 
 		 1188 aa  590  1e-167  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  44.95 
 
 		 1157 aa  591  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  45.52 
 
 		 1148 aa  590  1e-167  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  44.95 
 
 		 1157 aa  591  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  43.3 
 
 		 1168 aa  590  1e-167  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  44.87 
 
 		 1177 aa  589  1e-167  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1155 aa  588  1e-166  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  41.1 
 
 		 1168 aa  588  1e-166  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  46.12 
 
 		 1159 aa  589  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  44.4 
 
 		 1179 aa  588  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  41.1 
 
 		 1168 aa  588  1e-166  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  42.02 
 
 		 1201 aa  586  1e-166  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1198 aa  586  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  45.45 
 
 		 1211 aa  585  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  42.88 
 
 		 1154 aa  584  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  45.45 
 
 		 1211 aa  586  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  45.45 
 
 		 1211 aa  586  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  43.79 
 
 		 1178 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  44.75 
 
 		 1157 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  35.09 
 
 		 1154 aa  584  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  42.14 
 
 		 1178 aa  580  1e-164  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  43.85 
 
 		 1157 aa  580  1e-164  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  46.05 
 
 		 1208 aa  580  1e-164  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  44.15 
 
 		 1155 aa  580  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  44.56 
 
 		 1143 aa  581  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  45.41 
 
 		 1150 aa  582  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4876  transcription-repair coupling factor  43.22 
 
 		 1257 aa  582  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.968673  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  45.44 
 
 		 1157 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  44.81 
 
 		 1134 aa  579  1.0000000000000001e-163  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  43.27 
 
 		 1224 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>