116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1362 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  100 
 
 		 382 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  56.61 
 
 		 392 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.14 
 
 		 402 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  52.73 
 
 		 389 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  42.11 
 
 		 379 aa  235  9e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.3 
 
 		 390 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  39.68 
 
 		 385 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  39.15 
 
 		 367 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.83 
 
 		 368 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  39.53 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  38.68 
 
 		 367 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  39.94 
 
 		 379 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  41.62 
 
 		 407 aa  205  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.51 
 
 		 372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  39.22 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  41.11 
 
 		 412 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  39.36 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  37.57 
 
 		 367 aa  179  8e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  36.39 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.27 
 
 		 420 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.06 
 
 		 523 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.47 
 
 		 552 aa  164  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.22 
 
 		 384 aa  164  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.43 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.44 
 
 		 516 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  32.61 
 
 		 393 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  30.4 
 
 		 417 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.85 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  28.75 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.46 
 
 		 374 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  26.79 
 
 		 415 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.97 
 
 		 466 aa  106  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  30.1 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.72 
 
 		 431 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.77 
 
 		 412 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  32.08 
 
 		 316 aa  90.1  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  27.82 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  27.97 
 
 		 400 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  35.37 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  31.66 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25.82 
 
 		 436 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.68 
 
 		 427 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  31.36 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  27.57 
 
 		 494 aa  70.5  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.89 
 
 		 395 aa  69.3  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  33.67 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.68 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  35.37 
 
 		 406 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.48 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.78 
 
 		 239 aa  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  31.15 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.64 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  30.91 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.43 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.89 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.15 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.41 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  23.08 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  25.51 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  27.99 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.38 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.32 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  24.67 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  26.5 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  22.26 
 
 		 418 aa  54.7  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.17 
 
 		 433 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  21.26 
 
 		 432 aa  53.9  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.71 
 
 		 258 aa  53.5  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  28.57 
 
 		 210 aa  51.6  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.05 
 
 		 408 aa  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.27 
 
 		 407 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  25.45 
 
 		 389 aa  50.8  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  33.61 
 
 		 878 aa  50.1  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.05 
 
 		 408 aa  50.1  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.77 
 
 		 417 aa  49.7  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3102  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 313 aa  49.3  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000142669  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.72 
 
 		 408 aa  48.9  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.96 
 
 		 2240 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  29.59 
 
 		 1737 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  33.08 
 
 		 808 aa  47.8  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40924  predicted protein  28.99 
 
 		 375 aa  47.4  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.458934  normal  0.213634 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3772  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  31.3 
 
 		 863 aa  47.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.61 
 
 		 810 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 		 505 aa  47.4  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1034  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.26 
 
 		 548 aa  47  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1187  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.46 
 
 		 293 aa  46.6  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0548059  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  50 
 
 		 344 aa  46.2  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.43 
 
 		 206 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  23.91 
 
 		 1979 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 		 4079 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3469  TPR repeat-containing protein  31.31 
 
 		 1161 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>