More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1523 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
243 aa  508  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  62.55 
 
 
258 aa  321  6e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  60.49 
 
 
253 aa  300  1e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  59.26 
 
 
243 aa  298  4e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  58.02 
 
 
243 aa  291  7e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  52.52 
 
 
237 aa  246  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  51.26 
 
 
233 aa  246  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 
244 aa  160  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 
244 aa  152  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
244 aa  150  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 
244 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
245 aa  148  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
244 aa  148  7e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.02 
 
 
246 aa  146  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.02 
 
 
246 aa  146  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 
248 aa  145  5e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  144  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 
268 aa  144  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
245 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
245 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
245 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
259 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
245 aa  143  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  143  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
260 aa  142  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.25 
 
 
244 aa  142  6e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
259 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.35 
 
 
270 aa  141  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  32.8 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 
302 aa  139  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 
245 aa  139  4.999999999999999e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  35.15 
 
 
250 aa  138  6e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.76 
 
 
270 aa  138  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
248 aa  138  7.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.15 
 
 
278 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 
263 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  34.31 
 
 
251 aa  134  9e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 
247 aa  134  9e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 
271 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 
250 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 
253 aa  133  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 
266 aa  133  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 
252 aa  132  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 
262 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 
248 aa  130  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 
258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 
274 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
250 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 
261 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 
261 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 
273 aa  128  9.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 
351 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 
261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  35.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 
284 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  31.78 
 
 
258 aa  126  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 
252 aa  126  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 
261 aa  126  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 
263 aa  125  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  38.57 
 
 
260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 
246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  31.85 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 
268 aa  125  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
256 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.01 
 
 
246 aa  125  5e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
252 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
247 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
247 aa  125  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
247 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
247 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
252 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 
252 aa  125  7e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  36.04 
 
 
293 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>