94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0589 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  100 
 
 		 408 aa  827    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4621  hypothetical protein  27.37 
 
 		 430 aa  106  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2815  hypothetical protein  28.68 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26290  regulator of polyketide synthase expression  27.68 
 
 		 441 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3869  putative transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.155401  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12395  hypothetical protein  26.64 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.537746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11481  transcriptional activator protein  27.59 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.48079e-25  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4444  putative transcriptional regulator, PucR family  32.89 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11218  hypothetical protein  26.42 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2881  putative transcriptional regulator, PucR family  28.96 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2857  putative transcriptional regulator, PucR family  27.61 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4213  hypothetical protein  37.78 
 
 		 405 aa  67.8  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  25.67 
 
 		 422 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2359  putative transcriptional regulator, PucR family  27.25 
 
 		 438 aa  61.6  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0658423  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 739 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6844  putative regulator of polyketide synthase expression  27.8 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222986  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  35 
 
 		 407 aa  57.8  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.59 
 
 		 518 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  27.75 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  26.55 
 
 		 406 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 665 aa  55.1  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 383 aa  54.7  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  28.7 
 
 		 434 aa  53.9  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 659 aa  53.5  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6547  CdaR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 413 aa  53.1  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 494 aa  53.1  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  35.11 
 
 		 485 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 563 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 537 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  25.73 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  27.87 
 
 		 648 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 390 aa  51.2  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  26.43 
 
 		 375 aa  51.2  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  27.46 
 
 		 375 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 305 aa  50.8  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 466 aa  50.8  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  41.67 
 
 		 619 aa  50.4  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  26.79 
 
 		 414 aa  50.4  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  44.26 
 
 		 554 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 552 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  25.97 
 
 		 404 aa  49.3  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  44.26 
 
 		 554 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  44.26 
 
 		 554 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  27.92 
 
 		 442 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.98 
 
 		 741 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  25 
 
 		 375 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4482  hypothetical protein  27 
 
 		 389 aa  48.5  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.606872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  34.59 
 
 		 637 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  22.7 
 
 		 740 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  25.52 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  27.98 
 
 		 398 aa  47.8  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  29.91 
 
 		 618 aa  47.8  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 362 aa  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 609 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 381 aa  47.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  29.69 
 
 		 402 aa  47.4  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  19.01 
 
 		 364 aa  47  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  33.58 
 
 		 400 aa  47  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1306  CdaR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 515 aa  46.6  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00277774  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  34.62 
 
 		 392 aa  46.2  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 425 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  30.71 
 
 		 520 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.85 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  39.29 
 
 		 627 aa  45.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  18.03 
 
 		 381 aa  45.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 488 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  29.69 
 
 		 488 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  29.69 
 
 		 483 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  28.65 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 558 aa  45.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3793  putative transcriptional regulator, PucR family  39.39 
 
 		 415 aa  44.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.254116  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  44.83 
 
 		 416 aa  44.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  30.77 
 
 		 486 aa  44.3  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 526 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  41.86 
 
 		 644 aa  44.3  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  33.33 
 
 		 385 aa  44.3  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  29.1 
 
 		 585 aa  44.3  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  41.38 
 
 		 525 aa  43.9  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.12 
 
 		 385 aa  43.9  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1111  hypothetical protein  37.31 
 
 		 328 aa  43.9  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  32.31 
 
 		 438 aa  43.5  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.94 
 
 		 385 aa  43.5  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 552 aa  43.5  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  29.73 
 
 		 393 aa  43.5  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.1 
 
 		 384 aa  43.5  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  18.98 
 
 		 359 aa  43.5  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  28.85 
 
 		 537 aa  43.5  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  38.75 
 
 		 514 aa  43.1  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.88 
 
 		 525 aa  43.1  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  30.37 
 
 		 501 aa  43.1  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  30.65 
 
 		 538 aa  42.7  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 479 aa  43.1  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>