177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0077 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  67.01 
 
 		 789 aa  1053    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  100 
 
 		 797 aa  1579    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  66.37 
 
 		 797 aa  1050    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  66.62 
 
 		 788 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  68.5 
 
 		 789 aa  1051    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  68.35 
 
 		 788 aa  1050    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2688  RND superfamily transporter  68.39 
 
 		 787 aa  1013    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  75.2 
 
 		 796 aa  1138    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  66.75 
 
 		 785 aa  1025    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  65.39 
 
 		 789 aa  944    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  19.8 
 
 		 831 aa  158  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.35 
 
 		 806 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  20.42 
 
 		 773 aa  136  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  17.41 
 
 		 808 aa  135  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  23.76 
 
 		 755 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.47 
 
 		 764 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  21.1 
 
 		 872 aa  124  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2562  RND efflux transporter  23.07 
 
 		 697 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.83 
 
 		 815 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  20.56 
 
 		 789 aa  115  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  19.97 
 
 		 778 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  19.42 
 
 		 821 aa  109  2e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  22.97 
 
 		 807 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.11 
 
 		 837 aa  103  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  19.95 
 
 		 813 aa  102  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  21.27 
 
 		 835 aa  99.8  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  19.71 
 
 		 821 aa  98.6  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  21.2 
 
 		 752 aa  97.1  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  22.88 
 
 		 765 aa  95.5  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  22.15 
 
 		 799 aa  95.5  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  22.72 
 
 		 796 aa  95.1  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.08 
 
 		 792 aa  94  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  21.3 
 
 		 825 aa  92.4  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.09 
 
 		 746 aa  92.4  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  22.59 
 
 		 800 aa  91.3  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  23.59 
 
 		 779 aa  90.1  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  23.21 
 
 		 811 aa  90.5  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  20.03 
 
 		 824 aa  87.8  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  18.58 
 
 		 828 aa  87.8  7e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  20.84 
 
 		 803 aa  87.4  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  21.1 
 
 		 779 aa  86.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  21.3 
 
 		 801 aa  85.5  0.000000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  19.97 
 
 		 747 aa  85.5  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  22.56 
 
 		 764 aa  84.7  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  20.91 
 
 		 804 aa  84.7  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  22.11 
 
 		 820 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.07 
 
 		 1051 aa  84  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.65 
 
 		 762 aa  81.6  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  20.08 
 
 		 823 aa  80.9  0.00000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  19.97 
 
 		 823 aa  80.9  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  20 
 
 		 823 aa  80.9  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  20.18 
 
 		 752 aa  79  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  26.52 
 
 		 967 aa  78.2  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  24.6 
 
 		 804 aa  77.8  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  21.17 
 
 		 772 aa  77.8  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  18.35 
 
 		 788 aa  77.4  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  25.05 
 
 		 804 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  21.92 
 
 		 800 aa  76.3  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  23.84 
 
 		 786 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  22.13 
 
 		 751 aa  74.7  0.000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  20.92 
 
 		 756 aa  74.3  0.000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  22.63 
 
 		 787 aa  71.2  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  22.35 
 
 		 786 aa  71.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  22.48 
 
 		 786 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  22.48 
 
 		 786 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  22.99 
 
 		 815 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  24.16 
 
 		 786 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  20.62 
 
 		 767 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  20.36 
 
 		 788 aa  67  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  21.97 
 
 		 821 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  30.92 
 
 		 807 aa  67.4  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  21.3 
 
 		 794 aa  67.4  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  23.65 
 
 		 816 aa  67  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  20.94 
 
 		 784 aa  67.4  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  21.22 
 
 		 767 aa  67  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  25.38 
 
 		 786 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  19.38 
 
 		 758 aa  66.6  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  22.14 
 
 		 821 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  23.28 
 
 		 784 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  24.26 
 
 		 898 aa  64.7  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  22.01 
 
 		 786 aa  64.3  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  22.01 
 
 		 786 aa  64.3  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  24.37 
 
 		 849 aa  63.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  24.23 
 
 		 797 aa  63.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  22.7 
 
 		 769 aa  62.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  19.82 
 
 		 778 aa  62.8  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5128  MMPL domain-containing protein  22.65 
 
 		 740 aa  62.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  22.71 
 
 		 799 aa  62  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  19.89 
 
 		 727 aa  62  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  21.81 
 
 		 831 aa  62.4  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  20.25 
 
 		 864 aa  61.6  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  21.61 
 
 		 794 aa  62  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2280  MMPL domain protein  22.8 
 
 		 758 aa  61.6  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.871082  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  21.83 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1530  MMPL domain-containing protein  23.36 
 
 		 766 aa  60.8  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  21.18 
 
 		 388 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  21.16 
 
 		 783 aa  60.1  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  21.14 
 
 		 385 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  17.55 
 
 		 748 aa  59.3  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  22.68 
 
 		 771 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>