More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0074 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0074  MATE efflux family protein  100 
 
 		 453 aa  902    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286401 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1233  Na+-driven multidrug efflux pump  53.24 
 
 		 481 aa  466  9.999999999999999e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0659218  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37760  putative efflux protein, MATE family  43.64 
 
 		 446 aa  316  6e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4176  MATE efflux family protein  42.06 
 
 		 460 aa  288  2e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2521  MATE efflux family protein  43.38 
 
 		 455 aa  278  1e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.869508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3351  MATE efflux family protein  40.68 
 
 		 441 aa  275  9e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.442644  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0177  MATE efflux family protein  36.76 
 
 		 442 aa  257  3e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3689  MATE efflux family protein  41.78 
 
 		 470 aa  256  8e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4106  MATE efflux family protein  38.86 
 
 		 458 aa  239  6.999999999999999e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3091  multi anti extrusion protein MatE  35.51 
 
 		 451 aa  236  7e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02790  putative efflux protein, MATE family  37.5 
 
 		 434 aa  233  5e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4839  MATE efflux family protein  37.56 
 
 		 449 aa  233  7.000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3880  MATE efflux family protein  39.27 
 
 		 450 aa  232  1e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000073056 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1451  MATE efflux family protein  36.16 
 
 		 465 aa  231  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.815185 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3554  MATE efflux family protein  34.02 
 
 		 466 aa  222  8e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4658  MATE efflux family protein  38.29 
 
 		 459 aa  219  7.999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.872929  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4334  MATE efflux family protein  37.95 
 
 		 437 aa  218  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.210816  normal  0.91675 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9349  MATE efflux family protein  32.96 
 
 		 436 aa  201  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4943  MATE efflux family protein  33.33 
 
 		 448 aa  196  8.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21540  putative efflux protein, MATE family  39.17 
 
 		 470 aa  195  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14620  putative efflux protein, MATE family  31.87 
 
 		 438 aa  180  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.220591  normal  0.503837 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3426  MATE efflux family protein  35.86 
 
 		 434 aa  171  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1452  MATE efflux family protein  32.56 
 
 		 442 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.087859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2085  MATE efflux family protein  32.71 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0451278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2131  MATE efflux family protein  32.71 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0258983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2068  MATE efflux family protein  32.71 
 
 		 444 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.163332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4036  MATE efflux family protein  32.02 
 
 		 439 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.192033  normal  0.230529 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1719  MATE efflux family protein  32.75 
 
 		 441 aa  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0706811  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5830  MATE efflux family protein  29.33 
 
 		 434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1334  MATE efflux family protein  32.49 
 
 		 442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.433574  normal  0.014892 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2317  MATE efflux family protein  31.32 
 
 		 442 aa  143  8e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.816192  normal  0.0947968 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2155  MATE efflux family protein  29.72 
 
 		 467 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.430874  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1376  MATE efflux family protein  32.13 
 
 		 442 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.136301 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12851  DNA-damage-inducible protein F dinF  31.71 
 
 		 436 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000020718  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02855  hypothetical protein  27.34 
 
 		 445 aa  107  5e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  23.99 
 
 		 469 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2162  MATE efflux family protein  27.16 
 
 		 453 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 460 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  27.68 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  27.29 
 
 		 445 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0427  MATE efflux family protein  24.62 
 
 		 446 aa  95.9  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.744275  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  26.58 
 
 		 445 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  26.82 
 
 		 445 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  26.08 
 
 		 445 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_23253  multi antimicrobial extrusion family protein  29.2 
 
 		 492 aa  92.4  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.332151  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  28.24 
 
 		 446 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.3 
 
 		 454 aa  90.1  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  24.09 
 
 		 462 aa  89.4  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  27.53 
 
 		 446 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  23.53 
 
 		 458 aa  88.6  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.12 
 
 		 468 aa  87.4  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  27.06 
 
 		 449 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  25.32 
 
 		 433 aa  83.2  0.000000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  26.18 
 
 		 443 aa  82  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.74 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  25.86 
 
 		 449 aa  81.6  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  27.5 
 
 		 466 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  25.71 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0014  MATE efflux family protein  23.28 
 
 		 453 aa  80.1  0.00000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0029857  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3385  MATE efflux family protein  22.34 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3961  MATE efflux family protein  29.36 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  28.29 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  27.09 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  25.67 
 
 		 447 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  27.09 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31014  MOP(MATE) family transporter: multidrug efflux  26.71 
 
 		 560 aa  77.4  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00547148  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.84 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.84 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.84 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  27.2 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  29.28 
 
 		 453 aa  77  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1279  DNA-damage-inducible protein F  25.49 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.244391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3207  putative transmembrane efflux protein  25.09 
 
 		 467 aa  76.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00227095 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3319  MATE efflux family protein  21.77 
 
 		 460 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00330578  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0111  MATE efflux family protein  20.98 
 
 		 464 aa  76.3  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  25.54 
 
 		 457 aa  75.5  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1106  MATE efflux family protein  24.94 
 
 		 472 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.373516  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  26.7 
 
 		 516 aa  74.3  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0451  MATE efflux family protein  24.68 
 
 		 446 aa  74.3  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000226029  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  25.53 
 
 		 443 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3276  MATE efflux family protein  24.25 
 
 		 457 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000381455  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1199  MATE efflux family protein  23.85 
 
 		 450 aa  73.6  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0538393  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 459 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  26.95 
 
 		 441 aa  73.2  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  26.7 
 
 		 441 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3642  multi anti extrusion protein MatE  24.28 
 
 		 496 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104533  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  25.28 
 
 		 473 aa  72.8  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  25.58 
 
 		 423 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  24.38 
 
 		 477 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1851  MATE efflux family protein  26.77 
 
 		 475 aa  72.8  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00783953  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  24.38 
 
 		 477 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  25.89 
 
 		 470 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0307  MATE efflux family protein  23.03 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  22.61 
 
 		 454 aa  72  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1353  MATE efflux family protein  24.25 
 
 		 453 aa  72  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>