More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5830 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5830  MATE efflux family protein  100 
 
 		 434 aa  813    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14620  putative efflux protein, MATE family  75.52 
 
 		 438 aa  596  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.220591  normal  0.503837 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2085  MATE efflux family protein  63.84 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0451278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2131  MATE efflux family protein  63.84 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0258983 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2317  MATE efflux family protein  63.51 
 
 		 442 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.816192  normal  0.0947968 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2068  MATE efflux family protein  63.84 
 
 		 444 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.163332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4036  MATE efflux family protein  62 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.192033  normal  0.230529 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1719  MATE efflux family protein  60.05 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0706811  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1452  MATE efflux family protein  57.65 
 
 		 442 aa  405  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.087859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12851  DNA-damage-inducible protein F dinF  59.68 
 
 		 436 aa  395  1e-109  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000020718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1334  MATE efflux family protein  59.53 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.433574  normal  0.014892 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1376  MATE efflux family protein  60.47 
 
 		 442 aa  384  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.136301 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2155  MATE efflux family protein  55.88 
 
 		 467 aa  383  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.430874  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3961  MATE efflux family protein  59.01 
 
 		 427 aa  335  9e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3426  MATE efflux family protein  44.72 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3554  MATE efflux family protein  38.11 
 
 		 466 aa  244  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9349  MATE efflux family protein  39.07 
 
 		 436 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4943  MATE efflux family protein  39.63 
 
 		 448 aa  218  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4839  MATE efflux family protein  37.59 
 
 		 449 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4658  MATE efflux family protein  40.41 
 
 		 459 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.872929  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3091  multi anti extrusion protein MatE  37.44 
 
 		 451 aa  210  5e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0177  MATE efflux family protein  36.38 
 
 		 442 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3351  MATE efflux family protein  39.32 
 
 		 441 aa  188  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.442644  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02790  putative efflux protein, MATE family  36.98 
 
 		 434 aa  188  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1451  MATE efflux family protein  36.74 
 
 		 465 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.815185 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4334  MATE efflux family protein  40.32 
 
 		 437 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.210816  normal  0.91675 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4106  MATE efflux family protein  37.61 
 
 		 458 aa  177  4e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1233  Na+-driven multidrug efflux pump  36.83 
 
 		 481 aa  176  5e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0659218  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3880  MATE efflux family protein  37.64 
 
 		 450 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000073056 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37760  putative efflux protein, MATE family  36.61 
 
 		 446 aa  173  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4176  MATE efflux family protein  37.25 
 
 		 460 aa  170  6e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21540  putative efflux protein, MATE family  39.61 
 
 		 470 aa  169  6e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3689  MATE efflux family protein  37.44 
 
 		 470 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0074  MATE efflux family protein  30.61 
 
 		 453 aa  151  2e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286401 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2162  MATE efflux family protein  32.54 
 
 		 453 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2521  MATE efflux family protein  34.02 
 
 		 455 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.869508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  28.57 
 
 		 443 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02855  hypothetical protein  25.9 
 
 		 445 aa  131  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  32.7 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  32.71 
 
 		 445 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  33.98 
 
 		 439 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_23253  multi antimicrobial extrusion family protein  31.51 
 
 		 492 aa  120  4.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.332151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.04 
 
 		 454 aa  116  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  34.12 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  34.28 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  25.87 
 
 		 447 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  30.22 
 
 		 445 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  29.55 
 
 		 461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  27.63 
 
 		 449 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  29.55 
 
 		 438 aa  111  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  27.25 
 
 		 436 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  29.81 
 
 		 441 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  25.82 
 
 		 469 aa  109  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  31.03 
 
 		 446 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  32.19 
 
 		 445 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  32 
 
 		 453 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  31.18 
 
 		 446 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  32.54 
 
 		 449 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  33.1 
 
 		 450 aa  106  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  33.1 
 
 		 450 aa  106  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  29.82 
 
 		 448 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  27.43 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0912  MATE efflux family protein  25.69 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2494  MATE efflux family protein  26.59 
 
 		 477 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0886  MATE efflux family protein  25.69 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  31.32 
 
 		 445 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  31.8 
 
 		 445 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3613  MATE efflux family protein  26.59 
 
 		 477 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.214192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  27.85 
 
 		 437 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  32.33 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  31.22 
 
 		 449 aa  99.8  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  31.53 
 
 		 453 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  30.21 
 
 		 441 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  30.21 
 
 		 441 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  30.43 
 
 		 441 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  30.43 
 
 		 441 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  30.43 
 
 		 441 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.72 
 
 		 459 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  27.75 
 
 		 454 aa  97.8  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  28.08 
 
 		 447 aa  97.4  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.72 
 
 		 459 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 443 aa  97.1  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.49 
 
 		 459 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  31.49 
 
 		 459 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.49 
 
 		 459 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.49 
 
 		 441 aa  96.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  27.67 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  25.98 
 
 		 455 aa  95.9  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 440 aa  95.5  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1710  MATE efflux family protein  22.64 
 
 		 455 aa  95.5  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.841637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31014  MOP(MATE) family transporter: multidrug efflux  29.21 
 
 		 560 aa  94.7  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00547148  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.26 
 
 		 459 aa  94.7  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  27.4 
 
 		 439 aa  94  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  26.12 
 
 		 475 aa  93.6  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.39 
 
 		 441 aa  94  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  31.03 
 
 		 441 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  31.41 
 
 		 458 aa  93.2  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  27.01 
 
 		 451 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  29.79 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  29.46 
 
 		 451 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>