More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3961 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3961  MATE efflux family protein  100 
 
 		 427 aa  771    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14620  putative efflux protein, MATE family  56.63 
 
 		 438 aa  411  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.220591  normal  0.503837 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5830  MATE efflux family protein  59.01 
 
 		 434 aa  408  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1719  MATE efflux family protein  56.41 
 
 		 441 aa  398  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0706811  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1452  MATE efflux family protein  55.77 
 
 		 442 aa  386  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.087859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4036  MATE efflux family protein  53.41 
 
 		 439 aa  366  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.192033  normal  0.230529 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2317  MATE efflux family protein  54.08 
 
 		 442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.816192  normal  0.0947968 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1334  MATE efflux family protein  58.99 
 
 		 442 aa  351  2e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.433574  normal  0.014892 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2085  MATE efflux family protein  53.72 
 
 		 444 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0451278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2131  MATE efflux family protein  53.72 
 
 		 444 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0258983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2068  MATE efflux family protein  53.72 
 
 		 444 aa  344  1e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.163332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1376  MATE efflux family protein  57.31 
 
 		 442 aa  342  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.136301 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2155  MATE efflux family protein  48.97 
 
 		 467 aa  319  7e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.430874  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12851  DNA-damage-inducible protein F dinF  54.42 
 
 		 436 aa  318  2e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000020718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3426  MATE efflux family protein  47.3 
 
 		 434 aa  289  7e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4839  MATE efflux family protein  40.52 
 
 		 449 aa  237  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4943  MATE efflux family protein  44.94 
 
 		 448 aa  233  6e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3091  multi anti extrusion protein MatE  40.37 
 
 		 451 aa  229  7e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9349  MATE efflux family protein  40.62 
 
 		 436 aa  224  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3554  MATE efflux family protein  38.53 
 
 		 466 aa  220  5e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1451  MATE efflux family protein  40.43 
 
 		 465 aa  209  6e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.815185 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4658  MATE efflux family protein  43.77 
 
 		 459 aa  206  6e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.872929  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0177  MATE efflux family protein  39.49 
 
 		 442 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02790  putative efflux protein, MATE family  40.05 
 
 		 434 aa  187  4e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21540  putative efflux protein, MATE family  45.39 
 
 		 470 aa  186  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3351  MATE efflux family protein  41.43 
 
 		 441 aa  176  7e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.442644  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3880  MATE efflux family protein  41.46 
 
 		 450 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000073056 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4106  MATE efflux family protein  40 
 
 		 458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4334  MATE efflux family protein  41.67 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.210816  normal  0.91675 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3689  MATE efflux family protein  40.42 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37760  putative efflux protein, MATE family  38.6 
 
 		 446 aa  167  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4176  MATE efflux family protein  39.49 
 
 		 460 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1233  Na+-driven multidrug efflux pump  35.75 
 
 		 481 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0659218  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2162  MATE efflux family protein  33.74 
 
 		 453 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2521  MATE efflux family protein  37.94 
 
 		 455 aa  149  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.869508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0074  MATE efflux family protein  30.87 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286401 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02855  hypothetical protein  30.31 
 
 		 445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  34.13 
 
 		 445 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  33.49 
 
 		 445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0991  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000156724  normal  0.091152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  33.81 
 
 		 445 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  28.1 
 
 		 447 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  33.33 
 
 		 445 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  27.58 
 
 		 443 aa  109  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  29.09 
 
 		 455 aa  109  8.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_23253  multi antimicrobial extrusion family protein  29.93 
 
 		 492 aa  109  9.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.332151  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  28.85 
 
 		 455 aa  106  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  28.06 
 
 		 451 aa  106  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  30.62 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  28.01 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31014  MOP(MATE) family transporter: multidrug efflux  30.39 
 
 		 560 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00547148  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  33.82 
 
 		 450 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  33.82 
 
 		 450 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  31.5 
 
 		 458 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  31.85 
 
 		 456 aa  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  28.44 
 
 		 449 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  32.08 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  26.71 
 
 		 516 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  27.85 
 
 		 423 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  28.3 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  29.44 
 
 		 436 aa  96.3  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2542  MATE efflux family protein  30.59 
 
 		 459 aa  95.9  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  29.4 
 
 		 452 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  29.31 
 
 		 446 aa  95.1  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  30.54 
 
 		 451 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  30.42 
 
 		 460 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  31.91 
 
 		 455 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  27.14 
 
 		 429 aa  93.2  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  31.3 
 
 		 446 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  29.19 
 
 		 470 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2243  MATE efflux family protein  29.4 
 
 		 468 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4055  MATE efflux family protein  29.77 
 
 		 483 aa  92  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0254154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  29.95 
 
 		 434 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  23.92 
 
 		 433 aa  91.3  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  32.14 
 
 		 439 aa  90.1  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.69 
 
 		 441 aa  89.7  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.69 
 
 		 441 aa  89.7  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.92 
 
 		 441 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.92 
 
 		 441 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  31.92 
 
 		 441 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 456 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  27.12 
 
 		 455 aa  88.2  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  26.86 
 
 		 454 aa  87.4  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3692  MATE efflux family protein  29.81 
 
 		 461 aa  87  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000025823  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  31.91 
 
 		 444 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  32.79 
 
 		 457 aa  86.7  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35587  hypothetical protein  26.93 
 
 		 561 aa  86.3  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713211  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  27.55 
 
 		 455 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  30 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  32.35 
 
 		 444 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  26.68 
 
 		 440 aa  84  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  30.31 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  28.02 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2306  MATE efflux family protein  24.09 
 
 		 469 aa  84  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.30452  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09280  MATE efflux family protein  23.75 
 
 		 453 aa  83.2  0.000000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000476954  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  30.11 
 
 		 448 aa  83.2  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  29.25 
 
 		 449 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1418  MATE efflux family protein  35.34 
 
 		 462 aa  83.2  0.000000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>