241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0633 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 362 aa  740    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 373 aa  106  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  43.51 
 
 		 371 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 392 aa  97.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.91 
 
 		 389 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 377 aa  89.4  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  39.34 
 
 		 390 aa  87.8  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  26.76 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 385 aa  86.3  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  44.21 
 
 		 377 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  25.06 
 
 		 392 aa  82.8  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 370 aa  82.4  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  44.19 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  35.11 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.94 
 
 		 398 aa  75.9  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 385 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  32.79 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 106 aa  73.9  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.09 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.86 
 
 		 394 aa  70.5  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 393 aa  70.5  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  32.79 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 438 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  28.68 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 		 515 aa  60.5  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 291 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 513 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  37.78 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  20.69 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  31.4 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 383 aa  57  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 247 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 289 aa  56.2  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  36.67 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 331 aa  54.7  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 338 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 274 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 274 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 347 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 118 aa  53.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 332 aa  53.1  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 271 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.63 
 
 		 394 aa  53.1  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 288 aa  52.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 303 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 492 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 288 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 389 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3028  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 558 aa  51.2  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.360206  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 1201 aa  50.4  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 331 aa  50.4  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 269 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 252 aa  50.4  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 304 aa  50.4  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  27.42 
 
 		 349 aa  50.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 316 aa  49.7  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  32.95 
 
 		 301 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  32.95 
 
 		 287 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 1121 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1972  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 701 aa  48.5  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000433091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>