More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0026 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  100 
 
 
495 aa  1019    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  41.47 
 
 
523 aa  368  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  40.61 
 
 
498 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  39.16 
 
 
523 aa  290  4e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 
610 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  38.24 
 
 
570 aa  274  3e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  39.86 
 
 
561 aa  274  3e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  39.69 
 
 
556 aa  268  2e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  40.78 
 
 
440 aa  256  8e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40.17 
 
 
451 aa  255  1.0000000000000001e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  35.47 
 
 
650 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  41.04 
 
 
405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  36.34 
 
 
661 aa  252  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  35.43 
 
 
596 aa  246  6.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.88 
 
 
733 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  33.57 
 
 
595 aa  231  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  33.4 
 
 
522 aa  225  2e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.41 
 
 
638 aa  217  4e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.18 
 
 
620 aa  211  2e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  32.24 
 
 
544 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  34.11 
 
 
476 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.98 
 
 
617 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  34.29 
 
 
473 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.85 
 
 
515 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.85 
 
 
534 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  30.95 
 
 
507 aa  193  7e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  33.59 
 
 
476 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  31.41 
 
 
587 aa  192  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  33.59 
 
 
476 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  31.41 
 
 
487 aa  192  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.25 
 
 
492 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  31.57 
 
 
618 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  31.42 
 
 
506 aa  189  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  28.48 
 
 
544 aa  186  8e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  29.12 
 
 
447 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  31.41 
 
 
499 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  30.48 
 
 
498 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  31.76 
 
 
484 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  32.68 
 
 
547 aa  183  6e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 
499 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  30.04 
 
 
515 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  29.61 
 
 
515 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  32.71 
 
 
451 aa  180  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.23 
 
 
532 aa  180  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  29.95 
 
 
514 aa  179  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  29.39 
 
 
515 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  29.72 
 
 
448 aa  178  2e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  29.17 
 
 
515 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.59 
 
 
534 aa  177  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.9 
 
 
530 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.48 
 
 
553 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  29.55 
 
 
548 aa  172  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  29.22 
 
 
517 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.69 
 
 
554 aa  172  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  29.44 
 
 
543 aa  170  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  28.81 
 
 
498 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  30.39 
 
 
524 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  29.28 
 
 
515 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  28.94 
 
 
519 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  26.1 
 
 
527 aa  167  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  30.75 
 
 
479 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.71 
 
 
552 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  28.6 
 
 
515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  29.07 
 
 
515 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  28.04 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
452 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.63 
 
 
527 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  30.85 
 
 
479 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
406 aa  164  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
406 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  30.29 
 
 
580 aa  164  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.83 
 
 
452 aa  163  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.5 
 
 
499 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  28.41 
 
 
572 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.46 
 
 
474 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  28.5 
 
 
487 aa  161  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  32.5 
 
 
419 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  29 
 
 
555 aa  160  5e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  28.06 
 
 
518 aa  159  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  29.09 
 
 
518 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  27.54 
 
 
442 aa  158  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  31.16 
 
 
446 aa  158  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.09 
 
 
519 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  27.7 
 
 
485 aa  157  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.97 
 
 
517 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.72 
 
 
406 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.72 
 
 
455 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.72 
 
 
406 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.72 
 
 
406 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.72 
 
 
406 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  27.23 
 
 
556 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  26.92 
 
 
517 aa  156  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.99 
 
 
564 aa  156  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  27.18 
 
 
511 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  29.07 
 
 
561 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  28.41 
 
 
573 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.72 
 
 
455 aa  154  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>