More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0688 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  100 
 
 
390 aa  813    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  49.75 
 
 
399 aa  414  1e-114  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  48.34 
 
 
394 aa  403  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  48.59 
 
 
395 aa  402  1e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  47.96 
 
 
393 aa  404  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  48.85 
 
 
394 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  48.34 
 
 
393 aa  398  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  47.57 
 
 
394 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  47.19 
 
 
397 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  47.36 
 
 
397 aa  389  1e-107  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  48.98 
 
 
393 aa  390  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  45.96 
 
 
399 aa  379  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  47.45 
 
 
391 aa  378  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  47.98 
 
 
422 aa  379  1e-104  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  46.94 
 
 
396 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  46.68 
 
 
390 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  45.8 
 
 
405 aa  371  1e-101  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  50.14 
 
 
393 aa  367  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  45.78 
 
 
409 aa  364  1e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  44.13 
 
 
394 aa  355  1e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  44.76 
 
 
382 aa  354  2e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  43 
 
 
407 aa  351  2e-95  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  47.73 
 
 
355 aa  345  8.999999999999999e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  41.92 
 
 
404 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  43.47 
 
 
399 aa  322  6e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  45.18 
 
 
398 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  43.47 
 
 
404 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  45.64 
 
 
391 aa  319  5e-86  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  42.9 
 
 
379 aa  319  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  41.81 
 
 
407 aa  317  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  43.33 
 
 
399 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  41.29 
 
 
410 aa  309  5.9999999999999995e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  45.59 
 
 
342 aa  308  8e-83  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  42.13 
 
 
418 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  40.62 
 
 
402 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  41.48 
 
 
406 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  41.48 
 
 
406 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  39.77 
 
 
387 aa  298  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  40.22 
 
 
387 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  39.42 
 
 
415 aa  279  8e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  38.31 
 
 
387 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  39.78 
 
 
401 aa  275  9e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  38.31 
 
 
387 aa  269  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  40.41 
 
 
378 aa  268  1e-70  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  38.68 
 
 
375 aa  265  1e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  39.15 
 
 
373 aa  255  9e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  39.85 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  39.07 
 
 
377 aa  249  5e-65  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  39.12 
 
 
380 aa  248  1e-64  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  37.56 
 
 
380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  37.34 
 
 
384 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  37.17 
 
 
479 aa  238  1e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  35.73 
 
 
366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  38.11 
 
 
346 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  39.11 
 
 
349 aa  231  2e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  35.64 
 
 
414 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  35.57 
 
 
501 aa  222  9.999999999999999e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  37.96 
 
 
349 aa  220  3e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  37.36 
 
 
359 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  37.43 
 
 
327 aa  217  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  36.23 
 
 
356 aa  217  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  37.03 
 
 
330 aa  216  8e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  35.85 
 
 
405 aa  215  9e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  35.36 
 
 
356 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  36.08 
 
 
354 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  35.69 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  36.71 
 
 
335 aa  214  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  33.8 
 
 
480 aa  210  4e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  33.99 
 
 
561 aa  210  4e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  32.96 
 
 
496 aa  209  6e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  37.54 
 
 
769 aa  209  6e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  34.68 
 
 
330 aa  209  9e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  35.84 
 
 
330 aa  208  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  34.19 
 
 
363 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  36.55 
 
 
325 aa  208  2e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  35.07 
 
 
358 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  34.78 
 
 
358 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  37.1 
 
 
333 aa  206  5e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  34.2 
 
 
366 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
358 aa  205  1e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  34.96 
 
 
358 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  34.78 
 
 
357 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 
377 aa  204  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  35.36 
 
 
358 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  36.23 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.95 
 
 
397 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  34.59 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  35.73 
 
 
333 aa  195  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  31.99 
 
 
428 aa  182  6e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  32.25 
 
 
378 aa  177  3e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
418 aa  173  5e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 
356 aa  172  1e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
347 aa  170  4e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  31.68 
 
 
368 aa  170  4e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  31.47 
 
 
389 aa  168  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
429 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 
380 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.65 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.46 
 
 
373 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>