More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4227 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  100 
 
 
410 aa  862    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  60.35 
 
 
404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  55.84 
 
 
379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  55.44 
 
 
399 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  56.01 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  54.36 
 
 
402 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.04 
 
 
387 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.3 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  52.05 
 
 
387 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  53.32 
 
 
406 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  53.57 
 
 
406 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  49.35 
 
 
387 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  45.99 
 
 
407 aa  368  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  46.13 
 
 
404 aa  364  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  41.18 
 
 
394 aa  311  2e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  40 
 
 
399 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  41.29 
 
 
390 aa  309  6.999999999999999e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  41.39 
 
 
391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  40.28 
 
 
394 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  39.94 
 
 
393 aa  299  6e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  41.11 
 
 
393 aa  298  8e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  39.5 
 
 
394 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  38.21 
 
 
382 aa  295  9e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.06 
 
 
394 aa  295  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  39.78 
 
 
395 aa  294  2e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  40.83 
 
 
393 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  40.16 
 
 
375 aa  293  4e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  38.32 
 
 
390 aa  292  8e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  41.87 
 
 
397 aa  291  1e-77  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  39.01 
 
 
396 aa  290  3e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  41.4 
 
 
393 aa  290  3e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  36.04 
 
 
405 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  37.66 
 
 
373 aa  281  1e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  40.05 
 
 
422 aa  276  5e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  38.5 
 
 
397 aa  275  9e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  38.59 
 
 
355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  38.08 
 
 
399 aa  271  2e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  36.07 
 
 
407 aa  270  2e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  37.11 
 
 
415 aa  258  1e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  35.79 
 
 
409 aa  253  5.000000000000001e-66  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  37.4 
 
 
391 aa  238  1e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  35.08 
 
 
358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  33.52 
 
 
401 aa  231  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  36.07 
 
 
399 aa  227  3e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  35.54 
 
 
398 aa  226  4e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  34.97 
 
 
342 aa  212  1e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  33.51 
 
 
366 aa  201  3e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  33.25 
 
 
496 aa  199  7e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  33.15 
 
 
378 aa  186  8e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
384 aa  186  8e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
380 aa  176  9e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  31.59 
 
 
349 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  31.67 
 
 
480 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  29.91 
 
 
346 aa  170  4e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 
380 aa  170  5e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 
377 aa  169  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 
389 aa  168  2e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 
377 aa  167  4e-40  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.51 
 
 
397 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  28.65 
 
 
561 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
501 aa  163  5.0000000000000005e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  29.29 
 
 
414 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  29.73 
 
 
479 aa  159  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.47 
 
 
366 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
405 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 
399 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  30.08 
 
 
375 aa  156  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  29.01 
 
 
358 aa  155  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.33 
 
 
349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  28 
 
 
321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  27.89 
 
 
372 aa  153  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
358 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.73 
 
 
359 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
358 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 
354 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.71 
 
 
363 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 
347 aa  147  3e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  29.76 
 
 
769 aa  147  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  27.56 
 
 
356 aa  146  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 
325 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  29.28 
 
 
378 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  29.28 
 
 
377 aa  145  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  29.2 
 
 
377 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 
330 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.1 
 
 
359 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  29.28 
 
 
377 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 
358 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  29.14 
 
 
327 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 
361 aa  144  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 
357 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 
356 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.01 
 
 
373 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
368 aa  142  8e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
375 aa  140  3e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 
353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  27.03 
 
 
381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 
333 aa  139  8.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>