More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2903 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  80.61 
 
 
397 aa  668    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  100 
 
 
393 aa  818    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  93.38 
 
 
393 aa  749    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  87.72 
 
 
394 aa  726    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  81.33 
 
 
394 aa  690    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  85.17 
 
 
394 aa  712    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  69.05 
 
 
395 aa  580  1e-164  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  69.31 
 
 
393 aa  578  1e-164  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  66.24 
 
 
399 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  64.65 
 
 
422 aa  533  1e-150  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  62.47 
 
 
397 aa  525  1e-148  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  61.62 
 
 
399 aa  521  1e-147  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  53.03 
 
 
390 aa  432  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  52.81 
 
 
396 aa  421  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  52.67 
 
 
393 aa  417  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  51.53 
 
 
394 aa  413  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  47.96 
 
 
390 aa  404  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  49.1 
 
 
391 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  53.85 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  49.62 
 
 
382 aa  392  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  44.27 
 
 
405 aa  338  8e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  43.04 
 
 
407 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  44.76 
 
 
409 aa  327  3e-88  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  43.28 
 
 
415 aa  325  1e-87  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  45.2 
 
 
379 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  44.1 
 
 
418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  40.11 
 
 
404 aa  303  5.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  42.33 
 
 
399 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  41.11 
 
 
410 aa  298  8e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  43.23 
 
 
398 aa  298  1e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  44.17 
 
 
407 aa  296  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  41.85 
 
 
406 aa  293  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
406 aa  293  5e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  42.13 
 
 
404 aa  292  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  39.49 
 
 
402 aa  282  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  40.96 
 
 
387 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  40.5 
 
 
387 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  39.04 
 
 
387 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  41.53 
 
 
387 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  40 
 
 
399 aa  273  5.000000000000001e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  40.86 
 
 
391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  42.69 
 
 
342 aa  268  1e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  39.15 
 
 
401 aa  257  2e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 
366 aa  256  6e-67  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  35.41 
 
 
375 aa  250  3e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  38.08 
 
 
384 aa  241  1e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  39.59 
 
 
377 aa  241  2e-62  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  39.59 
 
 
389 aa  241  2e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  35.75 
 
 
373 aa  238  1e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  39.33 
 
 
378 aa  238  2e-61  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  39.13 
 
 
380 aa  236  4e-61  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  38.56 
 
 
380 aa  236  7e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  36.46 
 
 
496 aa  225  1e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  35.71 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  32.57 
 
 
346 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  34.28 
 
 
479 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  34.17 
 
 
363 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  32.57 
 
 
356 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 
354 aa  192  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  32.29 
 
 
356 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 
358 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
358 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  31.62 
 
 
349 aa  189  5e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 
357 aa  189  7e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  34.2 
 
 
330 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 
359 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  31.23 
 
 
366 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  34.97 
 
 
335 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 
358 aa  180  2.9999999999999997e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.95 
 
 
397 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 
377 aa  179  7e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  33.43 
 
 
480 aa  178  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  33.91 
 
 
330 aa  176  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  34.58 
 
 
330 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 
414 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  32.03 
 
 
501 aa  176  6e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 
349 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 
358 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
333 aa  173  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  28.83 
 
 
413 aa  173  5.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 
399 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  33.04 
 
 
334 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 
394 aa  170  4e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
405 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 
380 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  32.16 
 
 
369 aa  167  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  33.62 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.95 
 
 
561 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  31.37 
 
 
333 aa  163  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.86 
 
 
373 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 
386 aa  161  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  29.83 
 
 
375 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  31.77 
 
 
381 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  31.08 
 
 
370 aa  157  2e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  29.81 
 
 
350 aa  155  2e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 
356 aa  153  4e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  32.45 
 
 
389 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  31.53 
 
 
769 aa  152  7e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>