More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_1711 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  100 
 
 
406 aa  844    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  99.75 
 
 
406 aa  842    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  74.81 
 
 
418 aa  603  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  64.87 
 
 
399 aa  525  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  62.5 
 
 
379 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  60.67 
 
 
402 aa  495  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  58.66 
 
 
404 aa  497  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  58.9 
 
 
387 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  60.16 
 
 
387 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  53.32 
 
 
410 aa  438  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.09 
 
 
387 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.73 
 
 
387 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  53.2 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  51.79 
 
 
407 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  43.85 
 
 
399 aa  326  5e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  44.51 
 
 
393 aa  313  3.9999999999999997e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  43.5 
 
 
391 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  43.42 
 
 
396 aa  311  1e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  42.25 
 
 
394 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  41.48 
 
 
390 aa  303  5.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  43.45 
 
 
393 aa  303  5.000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  41.93 
 
 
394 aa  303  5.000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  43.75 
 
 
355 aa  301  1e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  42.15 
 
 
399 aa  298  1e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  41.74 
 
 
394 aa  298  2e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  42.66 
 
 
397 aa  296  4e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  41.97 
 
 
395 aa  293  3e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
393 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  42.02 
 
 
390 aa  290  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  41.85 
 
 
393 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40 
 
 
394 aa  286  4e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  41.36 
 
 
382 aa  286  5e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  40.79 
 
 
422 aa  285  9e-76  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  38.01 
 
 
405 aa  276  3e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  39.89 
 
 
407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  38.22 
 
 
373 aa  269  8e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 
397 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  36.39 
 
 
375 aa  264  2e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  39.77 
 
 
409 aa  257  3e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  38.08 
 
 
401 aa  244  3e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  40.17 
 
 
391 aa  238  1e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  36.32 
 
 
415 aa  231  2e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  37.88 
 
 
399 aa  222  9e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.96 
 
 
398 aa  218  2e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  35.34 
 
 
380 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  33.81 
 
 
378 aa  195  9e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.91 
 
 
384 aa  194  2e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
366 aa  191  1e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  35.69 
 
 
377 aa  191  2e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 
342 aa  188  2e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.2 
 
 
389 aa  187  2e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  34.1 
 
 
380 aa  181  1e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  33.54 
 
 
321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.91 
 
 
496 aa  169  7e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  31.78 
 
 
479 aa  168  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  31.11 
 
 
377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.43 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 
480 aa  163  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 
501 aa  161  2e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
358 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 
358 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  31.02 
 
 
561 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
358 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
358 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  29.17 
 
 
349 aa  154  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.22 
 
 
366 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 
354 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.83 
 
 
769 aa  149  6e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  28.29 
 
 
356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.61 
 
 
346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 
356 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  31.03 
 
 
325 aa  147  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 
363 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 
414 aa  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 
327 aa  145  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  27.15 
 
 
359 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 
389 aa  142  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.01 
 
 
359 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.53 
 
 
373 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  30.86 
 
 
356 aa  139  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 
405 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.49 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 
389 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 
399 aa  133  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
399 aa  132  7.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
347 aa  130  5.0000000000000004e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
361 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  29.46 
 
 
332 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  28.25 
 
 
367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 
332 aa  126  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
491 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
491 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  30.64 
 
 
491 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
491 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
491 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>